Paket: bwa (0.7.18-1 och andra)

[ Källkod: bwa  ]

Burrows-Wheeler Aligner

BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome. It consists of three algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM. The first algorithm is designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp. BWA-MEM and BWA-SW share similar features such as long-read support and split alignment, but BWA-MEM, which is the latest, is generally recommended for high-quality queries as it is faster and more accurate. BWA-MEM also has better performance than BWA-backtrack for 70-100bp Illumina reads.

Märken: Biologi: Proteiner, Field: Biologi, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, interface::text-mode, role::program, Purpose: Analysing, Comparing

Andra paket besläktade med bwa

• dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ej armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Hämta bwa

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	0.7.18-1	211,7 kbyte	512,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	0.7.18-1	206,9 kbyte	459,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	0.7.18-1	193,6 kbyte	447,0 kbyte	[filförteckning]
armel	0.7.18-1	194,1 kbyte	438,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	0.7.18-1	193,3 kbyte	326,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	0.7.18-1	226,8 kbyte	511,0 kbyte	[filförteckning]
i386	0.7.18-1	231,1 kbyte	522,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	0.7.17-7+b4	280,4 kbyte	925,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	0.7.18-1	205,3 kbyte	470,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	0.7.18-1	204,7 kbyte	526,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	0.7.18-1	219,7 kbyte	575,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	0.7.18-1	230,2 kbyte	575,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	0.7.18-1	214,6 kbyte	375,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	0.7.18-1	222,8 kbyte	511,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	0.7.18-1	276,1 kbyte	447,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	0.7.18-1	185,3 kbyte	1.091,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	0.7.18-1	217,6 kbyte	474,0 kbyte	[filförteckning]