Paketti: bwa (0.7.18-1 ja muut)

[ Source: bwa  ]

Burrows-Wheeler Aligner

BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome. It consists of three algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM. The first algorithm is designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp. BWA-MEM and BWA-SW share similar features such as long-read support and split alignment, but BWA-MEM, which is the latest, is generally recommended for high-quality queries as it is faster and more accurate. BWA-MEM also has better performance than BWA-backtrack for 70-100bp Illumina reads.

Tagit: Biology: Proteins, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, interface::text-mode, role::program, Purpose: Analysing, Comparing

Muut pakettiin bwa liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Imuroi bwa

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	0.7.18-1	211.7 kt	512.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	0.7.18-1	206.9 kt	459.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	0.7.18-1	193.6 kt	447.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	0.7.18-1	194.1 kt	438.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	0.7.18-1	193.3 kt	326.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	0.7.18-1	226.8 kt	511.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	0.7.18-1	231.1 kt	522.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	0.7.17-7+b4	280.4 kt	925.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	0.7.18-1	205.3 kt	470.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	0.7.18-1	204.7 kt	526.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	0.7.18-1	219.7 kt	575.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	0.7.18-1	230.2 kt	575.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	0.7.18-1	214.6 kt	375.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	0.7.18-1	222.8 kt	511.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	0.7.18-1	276.1 kt	447.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	0.7.18-1	185.3 kt	1,091.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	0.7.18-1	217.6 kt	474.0 kt	[tiedostoluettelo]