Balík: bwa (0.7.18-1 a iné)

[ Zdroj: bwa  ]

Burrows-Wheeler Aligner

BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome. It consists of three algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM. The first algorithm is designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp. BWA-MEM and BWA-SW share similar features such as long-read support and split alignment, but BWA-MEM, which is the latest, is generally recommended for high-quality queries as it is faster and more accurate. BWA-MEM also has better performance than BWA-backtrack for 70-100bp Illumina reads.

Značky: Biológia: Proteins, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Príkazový riadok, interface::text-mode, role::program, Purpose: Analyzovanie, Porovnávanie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom bwa

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, loong64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Stiahnuť bwa

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	0.7.18-1	211.7 kB	512.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	0.7.18-1	206.9 kB	459.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	0.7.18-1	193.6 kB	447.0 kB	[zoznam súborov]
armel	0.7.18-1	194.1 kB	438.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	0.7.18-1	193.3 kB	326.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	0.7.18-1	226.8 kB	511.0 kB	[zoznam súborov]
i386	0.7.18-1	231.1 kB	522.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	0.7.17-7+b4	280.4 kB	925.0 kB	[zoznam súborov]
loong64 (neoficiálny port)	0.7.18-1	214.7 kB	495.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	0.7.18-1	205.3 kB	470.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	0.7.18-1	204.7 kB	526.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	0.7.18-1	219.7 kB	575.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	0.7.18-1	230.2 kB	575.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	0.7.18-1	214.6 kB	375.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	0.7.18-1	222.8 kB	511.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	0.7.18-1	276.1 kB	447.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	0.7.18-1	185.3 kB	1,091.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	0.7.18-1	217.6 kB	474.0 kB	[zoznam súborov]