Пакет: bwa (0.7.18-1 и други)

[ Източник: bwa  ]

Burrows-Wheeler Aligner

BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome. It consists of three algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM. The first algorithm is designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp. BWA-MEM and BWA-SW share similar features such as long-read support and split alignment, but BWA-MEM, which is the latest, is generally recommended for high-quality queries as it is faster and more accurate. BWA-MEM also has better performance than BWA-backtrack for 70-100bp Illumina reads.

Етикети: Biology: Proteins, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, interface::text-mode, role::program, Purpose: Analysing, Comparing

Други пакети, свързани с bwa

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  compression library - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Изтегляне на bwa

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	0.7.18-1	211,7 кБ	512,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	0.7.18-1	206,9 кБ	459,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	0.7.18-1	193,6 кБ	447,0 кБ	[списък на файловете]
armel	0.7.18-1	194,1 кБ	438,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	0.7.18-1	193,3 кБ	326,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	0.7.18-1	226,8 кБ	511,0 кБ	[списък на файловете]
i386	0.7.18-1	231,1 кБ	522,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	0.7.17-7+b4	280,4 кБ	925,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	0.7.18-1	205,3 кБ	470,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	0.7.18-1	204,7 кБ	526,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	0.7.18-1	219,7 кБ	575,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	0.7.18-1	230,2 кБ	575,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	0.7.18-1	214,6 кБ	375,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	0.7.18-1	222,8 кБ	511,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	0.7.18-1	276,1 кБ	447,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	0.7.18-1	185,3 кБ	1 091,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	0.7.18-1	217,6 кБ	474,0 кБ	[списък на файловете]