Package: bwa (0.7.18-1 and others)

Links for bwa

Debian Resources:

Download Source Package bwa:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Charles Plessy (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)
Carlos Borroto (QA Page)
Ognyan Kulev (QA Page)
Michael R. Crusoe (QA Page)

External Resources:

Homepage [bio-bwa.sourceforge.net]

Similar packages:

Burrows-Wheeler Aligner

BWA è un pacchetto software per mappare sequenze con bassa divergenza rispetto a vasti genomi di riferimento, come il genoma umano. Consiste di tre algoritmi: BWA-backtrack, BWA-SW e BWA-MEM. Il primo è progettato per sequenze Illumina fino a 100pb, mentre gli altri due per sequenze più lunghe da 70pb a 1Mpb. BWA-MEM e BWA-SH condividono funzionalità simili, come gestione per lunghe sequenze e allineamenti spezzati, ma BWA-MEM, che è il più recente, è generalmente quello raccomandato per interrogazioni di alta qualità perché più veloce e più accurato. BWA-MEM ha prestazioni migliori anche rispetto a BWA-backtrack per sequenze Illumina 70-100pb.

Tags: Biology: Proteins, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, interface::text-mode, role::program, Purpose: Analysing, Comparing

Other Packages Related to bwa

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, loong64, sh4]

Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

libreria di compressione - runtime

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

rec: perl

"Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

sug: samtools

elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

Download bwa

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.7.18-1	211.7 kB	512.0 kB	[list of files]
amd64	0.7.18-1	206.9 kB	459.0 kB	[list of files]
arm64	0.7.18-1	193.6 kB	447.0 kB	[list of files]
armel	0.7.18-1	194.1 kB	438.0 kB	[list of files]
armhf	0.7.18-1	193.3 kB	326.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.7.18-1	226.8 kB	511.0 kB	[list of files]
i386	0.7.18-1	231.1 kB	522.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.7.17-7+b4	280.4 kB	925.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	0.7.18-1	214.7 kB	495.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.7.18-1	205.3 kB	470.0 kB	[list of files]
mips64el	0.7.18-1	204.7 kB	526.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.7.18-1	219.7 kB	575.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.7.18-1	230.2 kB	575.0 kB	[list of files]
riscv64	0.7.18-1	214.6 kB	375.0 kB	[list of files]
s390x	0.7.18-1	222.8 kB	511.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.7.18-1	276.1 kB	447.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.7.18-1	185.3 kB	1,091.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.7.18-1	217.6 kB	474.0 kB	[list of files]