Paket: bwa (0.7.18-1 und andere)

[ Quellcode: bwa  ]

Burrows-Wheeler Aligner

BWA (Burrows-Wheeler Aligner) ist ein Softwarepaket für das Abbilden gering abweichender Sequenzen auf eine große Referenzsequenz, etwa das menschliche Genom. Es besteht aus drei Algorithmen: BWA-backtrack, BWA-SW und BWA-MEM. BWA-backtrack ist für Illumina-Sequenz-Reads bis zu 100 Basenpaaren (bp) geeignet, während die anderen zwei Algorithmen für längere Sequenzen zwischen 70 bp und 1 Megabasenpaaren (Mbp) geeignet sind. BWA-MEM und BWA-SW teilen ähnliche Merkmale wie Unterstützung für lange Reads und Split-Alignments. BWA-MEM ist jedoch neuer und wird für hochqualitative Anfragen empfohlen, da es schneller und genauer ist. BWA-MEM ist zudem für Illumina-Reads mit einer Länge von 70 bis 100 bp leistungsfähiger als BWA-backtrack.

Markierungen: Biologie: Proteine, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, interface::text-mode, role::program, Zweck: Analyse, Vergleichen

Andere Pakete mit Bezug zu bwa

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nicht armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

bwa herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0.7.18-1	211,7 kB	512,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0.7.18-1	206,9 kB	459,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.7.18-1	193,6 kB	447,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	0.7.18-1	194,1 kB	438,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	0.7.18-1	193,3 kB	326,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0.7.18-1	226,8 kB	511,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	0.7.18-1	231,1 kB	522,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	0.7.17-7+b4	280,4 kB	925,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	0.7.18-1	214,7 kB	495,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.7.18-1	205,3 kB	470,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.7.18-1	204,7 kB	526,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0.7.18-1	219,7 kB	575,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.7.18-1	230,2 kB	575,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0.7.18-1	214,6 kB	375,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	0.7.18-1	222,8 kB	511,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	0.7.18-1	276,1 kB	447,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0.7.18-1	185,3 kB	1.091,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0.7.18-1	217,6 kB	474,0 kB	[Liste der Dateien]