Paket: samtools (1.21-1 och andra)

[ Källkod: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Märken: Field: Biologi, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Andra paket besläktade med samtools

• dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3t64 (>= 1.21) [ej ia64]

• dep: libncurses6 (>= 6)

  shared libraries for terminal handling

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  shared low-level terminfo library for terminal handling

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ej alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Hämta samtools

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	1.21-1	645,2 kbyte	1.874,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	1.21-1	651,5 kbyte	1.447,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	1.21-1	622,5 kbyte	1.679,0 kbyte	[filförteckning]
armel	1.21-1	614,7 kbyte	1.672,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	1.21-1	617,9 kbyte	1.544,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	1.21-1	647,1 kbyte	1.387,0 kbyte	[filförteckning]
i386	1.21-1	683,3 kbyte	1.572,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	1.19.2-1+b1	716,1 kbyte	2.112,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	1.21-1	638,9 kbyte	1.738,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	1.21-1	619,4 kbyte	1.368,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	1.21-1	630,8 kbyte	1.894,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	1.21-1	665,4 kbyte	1.935,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	1.21-1	677,4 kbyte	1.935,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	1.21-1	657,6 kbyte	1.299,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	1.21-1	655,9 kbyte	1.507,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	1.21-1	708,9 kbyte	1.674,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	1.21-1	614,2 kbyte	7.771,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	1.21-1	655,3 kbyte	1.416,0 kbyte	[filförteckning]