Пакет: bwa (0.7.18-1 и другие)

[ Источник: bwa  ]

Burrows-Wheeler Aligner

BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome. It consists of three algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM. The first algorithm is designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp. BWA-MEM and BWA-SW share similar features such as long-read support and split alignment, but BWA-MEM, which is the latest, is generally recommended for high-quality queries as it is faster and more accurate. BWA-MEM also has better performance than BWA-backtrack for 70-100bp Illumina reads.

Теги: Биология: Протеины, Область: Биология, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Пользовательский интерфейс: Командная строка, interface::text-mode, role::program, Цель: Анализ, Сравнение

Другие пакеты, относящиеся к bwa

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  библиотека сжатия

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Загрузка bwa

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	0.7.18-1	211,7 Кб	512,0 Кб	[список файлов]
amd64	0.7.18-1	206,9 Кб	459,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.7.18-1	193,6 Кб	447,0 Кб	[список файлов]
armel	0.7.18-1	194,1 Кб	438,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.7.18-1	193,3 Кб	326,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	0.7.18-1	226,8 Кб	511,0 Кб	[список файлов]
i386	0.7.18-1	231,1 Кб	522,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.7.17-7+b4	280,4 Кб	925,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	0.7.18-1	205,3 Кб	470,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.7.18-1	204,7 Кб	526,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.7.18-1	219,7 Кб	575,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.7.18-1	230,2 Кб	575,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.7.18-1	214,6 Кб	375,0 Кб	[список файлов]
s390x	0.7.18-1	222,8 Кб	511,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	0.7.18-1	276,1 Кб	447,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.7.18-1	185,3 Кб	1 091,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.7.18-1	217,6 Кб	474,0 Кб	[список файлов]