Пакет: samtools (1.21-1 и другие)

[ Источник: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c, interface::commandline, Сеть: Клиент, Сетевой протокол: FTP, protocol::http, role::program, Область: Утилита, Инструментарий интерфейса: Ncurses TUI, Цель: use::analysing, use::calculating, Фильтрация, Работает с: Биологические последовательности

Другие пакеты, относящиеся к samtools

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, loong64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3t64 (>= 1.21) [не ia64]

• dep: libncurses6 (>= 6)

  разделяемые библиотеки для управления терминалом

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  низкоуровневая библиотека для работы с терминалом

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  библиотека сжатия

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Загрузка samtools

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.21-1	645,2 Кб	1 874,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.21-1	651,5 Кб	1 447,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.21-1	622,5 Кб	1 679,0 Кб	[список файлов]
armel	1.21-1	614,7 Кб	1 672,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.21-1	617,9 Кб	1 544,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.21-1	647,1 Кб	1 387,0 Кб	[список файлов]
i386	1.21-1	683,3 Кб	1 572,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.19.2-1+b1	716,1 Кб	2 112,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	1.21-1	638,9 Кб	1 738,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.21-1	619,4 Кб	1 368,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.21-1	630,8 Кб	1 894,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.21-1	665,4 Кб	1 935,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.21-1	677,4 Кб	1 935,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.21-1	657,6 Кб	1 299,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.21-1	655,9 Кб	1 507,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.21-1	708,9 Кб	1 674,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.21-1	614,2 Кб	7 771,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.21-1	655,3 Кб	1 416,0 Кб	[список файлов]