Пакет: samtools (1.20-3 и другие)

[ Источник: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c, interface::commandline, Сеть: Клиент, Сетевой протокол: FTP, protocol::http, role::program, Область: Утилита, Инструментарий интерфейса: Ncurses TUI, Цель: use::analysing, use::calculating, Фильтрация, Работает с: Биологические последовательности

Другие пакеты, относящиеся к samtools

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3t64 (>= 1.20~) [не ia64]

• dep: libncurses6 (>= 6)

  разделяемые библиотеки для управления терминалом

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  низкоуровневая библиотека для работы с терминалом

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  библиотека сжатия

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Загрузка samtools

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.20-3	633,1 Кб	1 804,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.20-3	637,6 Кб	1 409,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.20-3	609,3 Кб	1 673,0 Кб	[список файлов]
armel	1.20-3	601,7 Кб	1 330,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.20-3	605,0 Кб	1 146,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.20-3	634,3 Кб	1 371,0 Кб	[список файлов]
i386	1.20-3	672,3 Кб	1 538,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.19.2-1+b1	716,1 Кб	2 112,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.20-3	612,5 Кб	1 354,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.20-3	615,2 Кб	1 824,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.20-3	652,6 Кб	1 929,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.20-3	662,7 Кб	1 929,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.20-3	647,5 Кб	1 281,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.20-3	643,8 Кб	1 485,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.20-3	694,6 Кб	1 668,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.20-3	601,8 Кб	7 765,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.20-3	641,9 Кб	1 378,0 Кб	[список файлов]