Пакет: bwa (0.7.17-7 и другие)

[ Источник: bwa  ]

Burrows-Wheeler Aligner

BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome. It consists of three algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM. The first algorithm is designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp. BWA-MEM and BWA-SW share similar features such as long-read support and split alignment, but BWA-MEM, which is the latest, is generally recommended for high-quality queries as it is faster and more accurate. BWA-MEM also has better performance than BWA-backtrack for 70-100bp Illumina reads.

Теги: Биология: Протеины, Область: Биология, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Пользовательский интерфейс: Командная строка, interface::text-mode, role::program, Цель: Анализ, Сравнение

Другие пакеты, относящиеся к bwa

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

• rec: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Загрузка bwa

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	0.7.17-7+b2	207,4 Кб	453,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.7.17-7+b2	189,1 Кб	449,0 Кб	[список файлов]
armel	0.7.17-7+b2	190,8 Кб	432,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.7.17-7+b2	190,4 Кб	320,0 Кб	[список файлов]
i386	0.7.17-7+b2	231,9 Кб	524,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.7.17-7+b2	201,4 Кб	528,0 Кб	[список файлов]
mipsel	0.7.17-7+b2	231,5 Кб	590,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.7.17-7+b2	227,0 Кб	577,0 Кб	[список файлов]
s390x	0.7.17-7+b2	190,4 Кб	465,0 Кб	[список файлов]