Package: bali-phy (4.0-1 and others)

[ Source: bali-phy  ]

inferenza baiesiana di allineamenti e filogenie

BAli-Phy (Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny) stima allineamenti multipli di sequenze e alberi evolutivi da sequenze di codoni, amminoacidi o DNA non allineato. BAli-Phy usa MCMC per stimare alberi evolutivi, selezione positiva e lunghezze dei rami mentre fa la media su allineamenti alternativi. BAli-Phy può visualizzare graficamente l'ambiguità degli allineamenti in un diagramma AU (alignment uncertainty).

BAli-Phy può anche stimare filogenie da un allineamento fisso (come MrBayes e BEAST) usando modelli di sostituzione come GTR+gamma. BAli-Phy stima automaticamente tassi relativi per ciascun gene.

Other Packages Related to bali-phy

• dep: libboost-chrono1.71.0 [x32]

  Package not available

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  rappresentazione C++ di intervalli temporali, punti temporali e orologi

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0) [not ia64, x32]

  rappresentazione C++ di intervalli temporali, punti temporali e orologi

• dep: libboost-filesystem1.71.0 [x32]

  Package not available

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  operazioni su filesystem (percorsi portabili, iterazione su directory, ecc.) in C++

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [hppa, m68k]

  operazioni su filesystem (percorsi portabili, iterazione su directory, ecc.) in C++

• dep: libboost-json1.83.0 (>= 1.83.0) [not hppa, ia64, m68k, x32]

  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.71.0 [x32]

  Package not available

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  libreria per opzioni di programma per C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [not ia64, x32]

  libreria per opzioni di programma per C++

• dep: libboost-random1.71.0 [x32]

  Package not available

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  libreria Boost per numeri casuali

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0) [not ia64, x32]

  libreria Boost per numeri casuali

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, loong64, x32]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  libreria Cairo per grafica 2D vettoriale

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1) [not hppa, ia64, m68k, x32]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-17) [loong64]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, sparc64, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not alpha, ia64, m68k, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-18) [alpha]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• rec: gnuplot

  programma a riga di comando interattivo per tracciare grafici
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

• sug: figtree

  visualizzatore grafico di alberi filogenetici

• sug: seaview

  interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia

Download bali-phy

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	4.0-1	9,258.5 kB	53,434.0 kB	[list of files]
amd64	4.0-1	9,822.0 kB	52,710.0 kB	[list of files]
arm64	4.0-1	8,730.3 kB	47,950.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.6.1+dfsg-3	6,226.6 kB	37,832.0 kB	[list of files]
i386	4.0-1	9,253.0 kB	51,011.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	3.6.1+dfsg-1	9,006.8 kB	69,870.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	4.0-1	9,159.7 kB	50,162.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	3.6.1+dfsg-3	5,450.2 kB	34,598.0 kB	[list of files]
mips64el	4.0-1	8,919.8 kB	58,594.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	4.0-1	9,151.4 kB	57,742.0 kB	[list of files]
ppc64el	4.0-1	9,592.2 kB	56,065.0 kB	[list of files]
riscv64	4.0-1	10,112.1 kB	41,347.0 kB	[list of files]
s390x	4.0-1	7,548.7 kB	48,143.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	4.0-1	8,190.5 kB	89,680.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	3.5.0.1+dfsg-1	5,788.7 kB	33,442.0 kB	[list of files]