Paquet : bali-phy (4.0-1 et autres)

[ Paquet source : bali-phy  ]

inférence bayésienne d’alignement et de phylogénie

BAli-Phy évalue plusieurs alignements de séquence et d’arbres évolutionnaires à partir d’ADN non aligné, d’acide aminé ou de séquences de codons. BAli-Phy utilise MCMC pour évaluer les arbres évolutionnaires, la sélection positive et les longueurs de branches tout en moyennant d’autres alignements possibles. BAli-Phy peut afficher graphiquement l’ambiguïté d’alignement dans un graphe d’incertitude d’alignement (AU).

BAli-Phy peut également évaluer les phylogénies à partir d’un alignement fixé (comme MrBayes et BEAST) grâce à des modèles de substitution tels que GTR+gamma. BAli-Phy évalue automatiquement les taux relatifs de chaque gène.

Autres paquets associés à bali-phy

• dep: libboost-chrono1.71.0 [x32]

  Paquet indisponible

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  représentation⋅C++ d'intervalle de temps, de point temporel et d'horloges

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0) [non ia64, x32]

  représentation⋅C++ d'intervalle de temps, de point temporel et d'horloges

• dep: libboost-filesystem1.71.0 [x32]

  Paquet indisponible

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [hppa, m68k]

  opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++

• dep: libboost-json1.83.0 (>= 1.83.0) [non hppa, ia64, m68k, x32]

  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.71.0 [x32]

  Paquet indisponible

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [non ia64, x32]

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libboost-random1.71.0 [x32]

  Paquet indisponible

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  bibliothèque Boost de nombres aléatoires

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0) [non ia64, x32]

  bibliothèque Boost de nombres aléatoires

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, loong64, x32]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Bibliothèque graphique vectorielle Cairo 2D

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1) [non hppa, ia64, m68k, x32]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-17) [loong64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, sparc64, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non alpha, ia64, m68k, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-18) [alpha]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• rec: gnuplot

  programme de tracé interactif en ligne de commande
  un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  système de calcul statistique et de graphique GNU R

• sug: figtree

  visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique

• sug: seaview

  interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

Télécharger bali-phy

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	4.0-1	9 258,5 ko	53 434,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	4.0-1	9 822,0 ko	52 710,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	4.0-1	8 730,3 ko	47 950,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	3.6.1+dfsg-3	6 226,6 ko	37 832,0 ko	[liste des fichiers]
i386	4.0-1	9 253,0 ko	51 011,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	3.6.1+dfsg-1	9 006,8 ko	69 870,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	4.0-1	9 159,7 ko	50 162,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	3.6.1+dfsg-3	5 450,2 ko	34 598,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	4.0-1	8 919,8 ko	58 594,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	4.0-1	9 151,4 ko	57 742,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	4.0-1	9 592,2 ko	56 065,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	4.0-1	10 112,1 ko	41 347,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	4.0-1	7 548,7 ko	48 143,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	4.0-1	8 190,5 ko	89 680,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	3.5.0.1+dfsg-1	5 788,7 ko	33 442,0 ko	[liste des fichiers]