Package: seaview (1:5.0.5-2 and others)

[ Source: seaview  ]

interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia

SeaView è un visualizzatore ed editor per allineamenti multipli di sequenze, cioè sequenze di DNA o proteine sono posizionate ciascuna nella propria riga separata, in modo che il nucleotide/aminoacido in una particolare posizione (colonna) sia considerato avere la stessa proprietà biochimica.

SeaView legge e scrive vari formati di file (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) di sequenze di DNA e proteiche e di alberi filogenetici. Gli allineamenti possono essere modificati a mano. È il motore dei programmi Muscle o Clustal Omega per l'allineamento multiplo di sequenze e permette anche di utilizzare qualsiasi algoritmo esterno di allineamento in grado di leggere e scrivere file in formato FASTA. Calcola gli alberi filogenetici in base alla parsimonia usando l'algoritmo dnapars/protpars di PHYLIP, in base alla distanza su una varietà di distanze evolutive con l'algoritmo NJ o BioNJ oppure in base alla massima verosimiglianza usando il programma PhyML 3.0.

SeaView disegna alberi filogenetici sullo schermo o in file PostScript e permette di scaricare sequenze da EMBL/GenBank/UniProt usando Internet.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, interface::graphical, interface::x11, Networking: Client, Network Protocol: Need an extra tag, Role: role::program, scope::utility, Interface Toolkit: FLTK, Purpose: Need an extra tag, use::comparing, use::editing, Printing, use::viewing, works-with-format::plaintext, Works with: works-with::biological-sequence, x11::application

Other Packages Related to seaview

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, loong64, sh4]

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  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

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• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
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  Fast Light Toolkit - libreria condivisa principale

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• dep: libx11-6 [sparc64]

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• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

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• rec: clustalo

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• rec: muscle

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• rec: phyml

  stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1:5.0.5-2+b1	369.7 kB	1,148.0 kB	[list of files]
amd64	1:5.0.5-2+b1	386.3 kB	1,016.0 kB	[list of files]
arm64	1:5.0.5-2+b2	346.7 kB	1,016.0 kB	[list of files]
armel	1:5.0.5-2+b1	322.6 kB	916.0 kB	[list of files]
armhf	1:5.0.5-2+b1	321.7 kB	700.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1:5.0.5-2+b1	379.0 kB	1,079.0 kB	[list of files]
i386	1:5.0.5-2+b1	398.0 kB	1,069.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1:5.0.5-2+b1	481.6 kB	1,909.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	1:5.0.5-2+b1	359.2 kB	1,020.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1:5.0.5-2+b1	346.0 kB	980.0 kB	[list of files]
mips64el	1:5.0.5-2+b1	370.5 kB	1,195.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1:5.0.5-2+b1	404.9 kB	1,336.0 kB	[list of files]
ppc64el	1:5.0.5-2+b1	417.7 kB	1,272.0 kB	[list of files]
riscv64	1:5.0.5-2+b2	380.1 kB	856.0 kB	[list of files]
s390x	1:5.0.5-2+b1	394.8 kB	1,108.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1:5.0.5-2+b1	430.3 kB	951.0 kB	[list of files]
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x32 (unofficial port)	1:5.0.5-2+b1	386.3 kB	985.0 kB	[list of files]