Package: bali-phy (3.6.1+dfsg-1)

[ Source: bali-phy  ]

inferenza baiesiana di allineamenti e filogenie

BAli-Phy (Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny) stima allineamenti multipli di sequenze e alberi evolutivi da sequenze di codoni, amminoacidi o DNA non allineato. BAli-Phy usa MCMC per stimare alberi evolutivi, selezione positiva e lunghezze dei rami mentre fa la media su allineamenti alternativi. BAli-Phy può visualizzare graficamente l'ambiguità degli allineamenti in un diagramma AU (alignment uncertainty).

BAli-Phy può anche stimare filogenie da un allineamento fisso (come MrBayes e BEAST) usando modelli di sostituzione come GTR+gamma. BAli-Phy stima automaticamente tassi relativi per ciascun gene.

Other Packages Related to bali-phy

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• rec: r-base

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• sug: figtree

  visualizzatore grafico di alberi filogenetici

• sug: seaview

  interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	6,064.3 kB	35,817.0 kB	[list of files]
arm64	5,434.7 kB	32,461.0 kB	[list of files]
armel	4,569.9 kB	29,779.0 kB	[list of files]
armhf	4,270.2 kB	22,071.0 kB	[list of files]
i386	5,850.5 kB	35,191.0 kB	[list of files]
mips64el	5,622.3 kB	42,347.0 kB	[list of files]
mipsel	5,563.3 kB	40,550.0 kB	[list of files]
ppc64el	6,142.8 kB	40,895.0 kB	[list of files]
s390x	4,982.7 kB	35,461.0 kB	[list of files]