Package: bali-phy (3.6.0+dfsg-1)

[ Source: bali-phy  ]

inferenza baiesiana di allineamenti e filogenie

BAli-Phy (Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny) stima allineamenti multipli di sequenze e alberi evolutivi da sequenze di codoni, amminoacidi o DNA non allineato. BAli-Phy usa MCMC per stimare alberi evolutivi, selezione positiva e lunghezze dei rami mentre fa la media su allineamenti alternativi. BAli-Phy può visualizzare graficamente l'ambiguità degli allineamenti in un diagramma AU (alignment uncertainty).

BAli-Phy può anche stimare filogenie da un allineamento fisso (come MrBayes e BEAST) usando modelli di sostituzione come GTR+gamma. BAli-Phy stima automaticamente tassi relativi per ciascun gene.

Other Packages Related to bali-phy

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0)

  rappresentazione C++ di intervalli temporali, punti temporali e orologi

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  operazioni su filesystem (percorsi portabili, iterazione su directory, ecc.) in C++

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  libreria per opzioni di programma per C++

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0)

  libreria Boost per numeri casuali

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  libreria Cairo per grafica 2D vettoriale

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• rec: gnuplot

  programma a riga di comando interattivo per tracciare grafici
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

• sug: figtree

  visualizzatore grafico di alberi filogenetici

• sug: seaview

  interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia

Download bali-phy

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	6,034.2 kB	35,682.0 kB	[list of files]
arm64	5,431.3 kB	32,438.0 kB	[list of files]
armel	4,564.5 kB	29,752.0 kB	[list of files]
armhf	4,260.7 kB	22,024.0 kB	[list of files]
i386	5,831.4 kB	35,044.0 kB	[list of files]
mips64el	5,573.4 kB	42,247.0 kB	[list of files]
mipsel	5,537.4 kB	40,464.0 kB	[list of files]
ppc64el	6,131.2 kB	40,892.0 kB	[list of files]
s390x	4,991.8 kB	35,522.0 kB	[list of files]