Pacote: bali-phy (4.0-1 e outros)

[ Fonte: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Outros pacotes relacionados a bali-phy

• dep: libboost-chrono1.71.0 [x32]

  Pacote não disponível

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0) [não ia64, x32]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-filesystem1.71.0 [x32]

  Pacote não disponível

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [hppa, m68k]

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-json1.83.0 (>= 1.83.0) [não hppa, ia64, m68k, x32]

  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.71.0 [x32]

  Pacote não disponível

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  program options library for C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [não ia64, x32]

  program options library for C++

• dep: libboost-random1.71.0 [x32]

  Pacote não disponível

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  Boost Random Number Library

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0) [não ia64, x32]

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [não alpha, ia64, loong64, x32]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  biblioteca gráfica de vetores 2D Cairo

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1) [não hppa, ia64, m68k, x32]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-17) [loong64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, sparc64, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [não alpha, ia64, m68k, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-18) [alpha]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  programa de plotagem interativo e de linha de comando
  também um pacote virtual fornecido por gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R statistical computation and graphics system

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Download de bali-phy

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	4.0-1	9,258.5 kB	53,434.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	4.0-1	9,822.0 kB	52,710.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	4.0-1	8,730.3 kB	47,950.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	3.6.1+dfsg-3	6,226.6 kB	37,832.0 kB	[lista de arquivos]
i386	4.0-1	9,253.0 kB	51,011.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	3.6.1+dfsg-1	9,006.8 kB	69,870.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	4.0-1	9,159.7 kB	50,162.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	3.6.1+dfsg-3	5,450.2 kB	34,598.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	4.0-1	8,919.8 kB	58,594.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	4.0-1	9,151.4 kB	57,742.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	4.0-1	9,592.2 kB	56,065.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	4.0-1	10,112.1 kB	41,347.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	4.0-1	7,548.7 kB	48,143.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	4.0-1	8,190.5 kB	89,680.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	3.5.0.1+dfsg-1	5,788.7 kB	33,442.0 kB	[lista de arquivos]