Package: bali-phy (4.0-1)

[ Source: bali-phy  ]

inferenza baiesiana di allineamenti e filogenie

BAli-Phy (Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny) stima allineamenti multipli di sequenze e alberi evolutivi da sequenze di codoni, amminoacidi o DNA non allineato. BAli-Phy usa MCMC per stimare alberi evolutivi, selezione positiva e lunghezze dei rami mentre fa la media su allineamenti alternativi. BAli-Phy può visualizzare graficamente l'ambiguità degli allineamenti in un diagramma AU (alignment uncertainty).

BAli-Phy può anche stimare filogenie da un allineamento fisso (come MrBayes e BEAST) usando modelli di sostituzione come GTR+gamma. BAli-Phy stima automaticamente tassi relativi per ciascun gene.

Other Packages Related to bali-phy

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  C++ containers and algorithms that implement JSON

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• dep: libc6 (>= 2.38)

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• sug: figtree

  visualizzatore grafico di alberi filogenetici

• sug: seaview

  interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	9,822.0 kB	52,710.0 kB	[list of files]
arm64	8,730.3 kB	47,950.0 kB	[list of files]
i386	9,253.0 kB	51,011.0 kB	[list of files]
mips64el	8,919.8 kB	58,594.0 kB	[list of files]
ppc64el	9,592.2 kB	56,065.0 kB	[list of files]
riscv64	10,112.1 kB	41,347.0 kB	[list of files]
s390x	7,548.7 kB	48,143.0 kB	[list of files]