Package: bali-phy (3.6.1+dfsg-3)

[ Source: bali-phy  ]

inferenza baiesiana di allineamenti e filogenie

BAli-Phy (Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny) stima allineamenti multipli di sequenze e alberi evolutivi da sequenze di codoni, amminoacidi o DNA non allineato. BAli-Phy usa MCMC per stimare alberi evolutivi, selezione positiva e lunghezze dei rami mentre fa la media su allineamenti alternativi. BAli-Phy può visualizzare graficamente l'ambiguità degli allineamenti in un diagramma AU (alignment uncertainty).

BAli-Phy può anche stimare filogenie da un allineamento fisso (come MrBayes e BEAST) usando modelli di sostituzione come GTR+gamma. BAli-Phy stima automaticamente tassi relativi per ciascun gene.

Other Packages Related to bali-phy

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  Libreria C GNU: librerie condivise
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• rec: r-base

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• sug: figtree

  visualizzatore grafico di alberi filogenetici

• sug: seaview

  interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	6,676.8 kB	39,067.0 kB	[list of files]
arm64	6,024.2 kB	36,555.0 kB	[list of files]
armel	5,076.0 kB	32,497.0 kB	[list of files]
armhf	4,629.1 kB	23,653.0 kB	[list of files]
i386	6,350.6 kB	37,805.0 kB	[list of files]
mips64el	5,923.0 kB	44,997.0 kB	[list of files]
ppc64el	6,422.8 kB	42,177.0 kB	[list of files]
riscv64	6,670.8 kB	31,791.0 kB	[list of files]
s390x	5,229.2 kB	36,851.0 kB	[list of files]