Pakiet: bali-phy (3.6.1+dfsg-3 i inne)

[ Pakiet źródłowy: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Inne pakiety związane z bali-phy

• dep: libboost-chrono1.71.0 [x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0) [nie ia64, x32]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-filesystem1.71.0 [x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [nie ia64, x32]

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-program-options1.71.0 [x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  program options library for C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [nie ia64, x32]

  program options library for C++

• dep: libboost-random1.71.0 [x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  Boost Random Number Library

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0) [nie ia64, x32]

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Cairo - biblioteka do dwuwymiarowej grafiki wektorowej

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64el, s390x]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, ppc64, sparc64, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie alpha, ia64, m68k, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-2) [alpha]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• rec: gnuplot

  Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  System GNU R do obliczeń statystycznych i prezentacji danych w formie graficznej

• sug: figtree

  Graficzna przeglądarka drzew filogenetycznych

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Pobieranie bali-phy

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-3	6 361,3 KiB	40 360,0 KiB	[lista plików]
amd64	3.6.1+dfsg-3	6 676,8 KiB	39 067,0 KiB	[lista plików]
arm64	3.6.1+dfsg-3	6 024,2 KiB	36 555,0 KiB	[lista plików]
armel	3.6.1+dfsg-3	5 076,0 KiB	32 497,0 KiB	[lista plików]
armhf	3.6.1+dfsg-3	4 629,1 KiB	23 653,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-3	6 226,6 KiB	37 832,0 KiB	[lista plików]
i386	3.6.1+dfsg-3	6 350,6 KiB	37 805,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-1	9 006,8 KiB	69 870,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-3	5 450,2 KiB	34 598,0 KiB	[lista plików]
mips64el	3.6.1+dfsg-3	5 923,0 KiB	44 997,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-3	6 105,6 KiB	44 043,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	3.6.1+dfsg-3	6 422,8 KiB	42 177,0 KiB	[lista plików]
riscv64	3.6.1+dfsg-3	6 670,8 KiB	31 791,0 KiB	[lista plików]
s390x	3.6.1+dfsg-3	5 229,2 KiB	36 851,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-3	5 204,0 KiB	63 539,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	3.5.0.1+dfsg-1	5 788,7 KiB	33 442,0 KiB	[lista plików]