Pakiet: bali-phy (4.0-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Inne pakiety związane z bali-phy

• dep: libboost-chrono1.71.0 [x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0) [nie ia64, x32]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-filesystem1.71.0 [x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [hppa, m68k]

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-json1.83.0 (>= 1.83.0) [nie hppa, ia64, m68k, x32]

  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.71.0 [x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  program options library for C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [nie ia64, x32]

  program options library for C++

• dep: libboost-random1.71.0 [x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  Boost Random Number Library

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0) [nie ia64, x32]

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, loong64, x32]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Cairo - biblioteka do dwuwymiarowej grafiki wektorowej

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1) [nie hppa, ia64, m68k, x32]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-17) [loong64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, sparc64, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie alpha, ia64, m68k, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-18) [alpha]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• rec: gnuplot

  Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  System GNU R do obliczeń statystycznych i prezentacji danych w formie graficznej

• sug: figtree

  Graficzna przeglądarka drzew filogenetycznych

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Pobieranie bali-phy

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	4.0-1	9 258,5 KiB	53 434,0 KiB	[lista plików]
amd64	4.0-1	9 822,0 KiB	52 710,0 KiB	[lista plików]
arm64	4.0-1	8 730,3 KiB	47 950,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-3	6 226,6 KiB	37 832,0 KiB	[lista plików]
i386	4.0-1	9 253,0 KiB	51 011,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-1	9 006,8 KiB	69 870,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	4.0-1	9 159,7 KiB	50 162,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-3	5 450,2 KiB	34 598,0 KiB	[lista plików]
mips64el	4.0-1	8 919,8 KiB	58 594,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	4.0-1	9 151,4 KiB	57 742,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	4.0-1	9 592,2 KiB	56 065,0 KiB	[lista plików]
riscv64	4.0-1	10 112,1 KiB	41 347,0 KiB	[lista plików]
s390x	4.0-1	7 548,7 KiB	48 143,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	4.0-1	8 190,5 KiB	89 680,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	3.5.0.1+dfsg-1	5 788,7 KiB	33 442,0 KiB	[lista plików]