Paketti: samtools (1.20-3 ja muut)

[ Source: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Tagit: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Muut pakettiin samtools liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3t64 (>= 1.20~) [ei ia64]

• dep: libncurses6 (>= 6)

  jaetut kirjastot päätteen hallintaan

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  Jaettu matalan abstraktiotason terminfo-kirjasto päätteen käsittelyyn

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Imuroi samtools

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.20-3	633.1 kt	1,804.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.20-3	637.6 kt	1,409.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.20-3+b1	613.9 kt	1,674.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1.20-3	601.7 kt	1,330.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1.20-3	605.0 kt	1,146.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.20-3	634.3 kt	1,371.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.20-3	672.3 kt	1,538.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.19.2-1+b1	716.1 kt	2,112.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.20-3	612.5 kt	1,354.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.20-3	615.2 kt	1,824.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.20-3	652.6 kt	1,929.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.20-3	662.7 kt	1,929.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.20-3	647.5 kt	1,281.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.20-3	643.8 kt	1,485.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.20-3	694.6 kt	1,668.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.20-3	601.8 kt	7,765.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.20-3	641.9 kt	1,378.0 kt	[tiedostoluettelo]