Paketti: bwa (0.7.17-8~0exp ja muut)

[ Source: bwa  ]

Kokeellinen paketti

Varoitus: Tämä paketti on kokeellisesta jakelusta. Tämä tarkoittaa, että se on luultavasti epävakaa tai buginen, ja voi aiheuttaa jopa tiedonhäviötä. Kannattaa ehdottomasti tutustua muutoslokiin ja muihin mahdollisiin ohjeisiin ennen käyttöönottoa.

Burrows-Wheeler Aligner

BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome. It consists of three algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM. The first algorithm is designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp. BWA-MEM and BWA-SW share similar features such as long-read support and split alignment, but BWA-MEM, which is the latest, is generally recommended for high-quality queries as it is faster and more accurate. BWA-MEM also has better performance than BWA-backtrack for 70-100bp Illumina reads.

Tagit: Biology: Proteins, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, interface::text-mode, role::program, Purpose: Analysing, Comparing

Muut pakettiin bwa liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• rec: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Imuroi bwa

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	0.7.17-8~0exp	222.1 kt	577.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	0.7.17-8~0exp	207.2 kt	452.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	0.7.17-8~0exp	188.8 kt	448.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	0.7.17-8~0exp	190.6 kt	431.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	0.7.17-8~0exp	190.1 kt	319.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	0.7.17-8~0exp	225.9 kt	512.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	0.7.17-8~0exp	231.7 kt	523.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	0.7.17-8~0exp	291.1 kt	962.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	0.7.17-8~0exp	203.9 kt	471.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	0.7.17-8~0exp	201.2 kt	527.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	0.7.17-8~0exp	216.9 kt	576.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	0.7.17-8~0exp	226.8 kt	576.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	0.7.17-8~0exp+b1	214.5 kt	376.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	0.7.17-8~0exp	190.3 kt	464.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	0.7.17-8~0exp	272.9 kt	448.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	0.7.17-8~0exp	182.5 kt	1,092.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	0.7.17-8~0exp	218.3 kt	471.0 kt	[tiedostoluettelo]