Paket: bwa (0.7.17-6 und andere)

[ Quellcode: bwa  ]

Burrows-Wheeler Aligner

BWA (Burrows-Wheeler Aligner) ist ein Softwarepaket für das Abbilden gering abweichender Sequenzen auf eine große Referenzsequenz, etwa das menschliche Genom. Es besteht aus drei Algorithmen: BWA-backtrack, BWA-SW und BWA-MEM. BWA-backtrack ist für Illumina-Sequenz-Reads bis zu 100 Basenpaaren (bp) geeignet, während die anderen zwei Algorithmen für längere Sequenzen zwischen 70 bp und 1 Megabasenpaaren (Mbp) geeignet sind. BWA-MEM und BWA-SW teilen ähnliche Merkmale wie Unterstützung für lange Reads und Split-Alignments. BWA-MEM ist jedoch neuer und wird für hochqualitative Anfragen empfohlen, da es schneller und genauer ist. BWA-MEM ist zudem für Illumina-Reads mit einer Länge von 70 bis 100 bp leistungsfähiger als BWA-backtrack.

Markierungen: Biologie: Proteine, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, interface::text-mode, role::program, Zweck: Analyse, Vergleichen

Andere Pakete mit Bezug zu bwa

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

bwa herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	0.7.17-6+b1	206,7 kB	452,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.7.17-6+b1	193,2 kB	424,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	0.7.17-6+b1	192,4 kB	439,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	0.7.17-6+b1	192,6 kB	327,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	0.7.17-6+b1	235,3 kB	531,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.7.17-6+b1	205,5 kB	511,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	0.7.17-6+b1	233,1 kB	549,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.7.17-6+b1	224,3 kB	580,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	0.7.17-6+b1	193,8 kB	476,0 kB	[Liste der Dateien]