Paket: bwa (0.7.17-8~0exp und andere)

[ Quellcode: bwa  ]

Experimentelles Paket

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Burrows-Wheeler Aligner

BWA (Burrows-Wheeler Aligner) ist ein Softwarepaket für das Abbilden gering abweichender Sequenzen auf eine große Referenzsequenz, etwa das menschliche Genom. Es besteht aus drei Algorithmen: BWA-backtrack, BWA-SW und BWA-MEM. BWA-backtrack ist für Illumina-Sequenz-Reads bis zu 100 Basenpaaren (bp) geeignet, während die anderen zwei Algorithmen für längere Sequenzen zwischen 70 bp und 1 Megabasenpaaren (Mbp) geeignet sind. BWA-MEM und BWA-SW teilen ähnliche Merkmale wie Unterstützung für lange Reads und Split-Alignments. BWA-MEM ist jedoch neuer und wird für hochqualitative Anfragen empfohlen, da es schneller und genauer ist. BWA-MEM ist zudem für Illumina-Reads mit einer Länge von 70 bis 100 bp leistungsfähiger als BWA-backtrack.

Markierungen: Biologie: Proteine, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, interface::text-mode, role::program, Zweck: Analyse, Vergleichen

Andere Pakete mit Bezug zu bwa

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

bwa herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0.7.17-8~0exp	222,1 kB	577,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0.7.17-8~0exp	207,2 kB	452,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.7.17-8~0exp	188,8 kB	448,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	0.7.17-8~0exp	190,6 kB	431,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	0.7.17-8~0exp	190,1 kB	319,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0.7.17-8~0exp	225,9 kB	512,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	0.7.17-8~0exp	231,7 kB	523,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	0.7.17-8~0exp	291,1 kB	962,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.7.17-8~0exp	203,9 kB	471,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.7.17-8~0exp	201,2 kB	527,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0.7.17-8~0exp	216,9 kB	576,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.7.17-8~0exp	226,8 kB	576,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0.7.17-8~0exp+b1	214,5 kB	376,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	0.7.17-8~0exp	190,3 kB	464,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	0.7.17-8~0exp	272,9 kB	448,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0.7.17-8~0exp	182,5 kB	1.092,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0.7.17-8~0exp	218,3 kB	471,0 kB	[Liste der Dateien]