Paket: med-bio (3.3)

[ Quellcode: debian-med  ]

Debian Med - Bioinformatikpakete

Dieses Metapaket wird Debian-Pakete installieren, die in der Molekularbiologie, Strukturbiologie und weiteren biologischen Fachrichtungen verwendet werden.

Markierungen: Feld: Biologie, Rolle: Meta-Paket, Anwendungs-Suite: Debian

Andere Pakete mit Bezug zu med-bio

• dep: med-config (= 3.3)

  Debian Med - allgemeines Konfigurationspaket

• dep: med-tasks (= 3.3)

  Debian Med - Aufgabenprofile für tasksel

• rec: abacas

  close gaps in genomic alignments from short reads

• rec: abyss

  Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«

• rec: acedb-other

  Abrufen von DNA- oder Proteinsequenzen

• rec: adapterremoval

  rapid adapter trimming, identification, and read merging of gene sequences

• rec: adun-core

  Molekularsimulator

• rec: aegean

  integrated genome analysis toolkit

• rec: aevol

  Digitales genetisches Modell zur Durchführung von Evolutionsexperimenten in silico

• rec: alien-hunter

  Interpolated Variable Order Motifs zur Identifizierung horizontal erhaltener DNA

• rec: alter-sequence-alignment

  Umgebung zur Umwandlung von Aligments genomischer Sequenzen

• rec: altree

  Programm zur Phylogenie-basierten Assoziations- und Lokalisierungsanalyse

• rec: amap-align

  Protein multiple alignment by sequence annealing

• rec: ampliconnoise

  removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons

• rec: andi

  Efficient Estimation of Evolutionary Distances

• rec: anfo

  Alignments/Abbildungen kurzer DNA-Sequenzen, von MPG

• rec: aragorn

  tRNA- und tmRNA-Nachweis in Nukleotidsequenzen

• rec: arden

  Genaue Kontrolle für das Lesen von Alignierungen unter Verwendung einer künstlichen Intelligenz

• rec: ariba

  Antibiotic Resistance Identification By Assembly

• rec: art-nextgen-simulation-tools

  simulation tools to generate synthetic next-generation sequencing reads

• rec: artemis

  Genombrowser und Anmerkungswerkzeug

• rec: artfastqgenerator

  outputs artificial FASTQ files derived from a reference genome

• rec: assemblytics

  detect and analyze structural variants from a genome assembly

• rec: atac

  genome assembly-to-assembly comparison

• rec: augustus

  gene prediction in eukaryotic genomes

• rec: autodock

  Analyse der Ligandenbindung von Proteinstrukturen

• rec: autodock-vina

  Docking kleiner Moleküle an Proteine

• rec: autogrid

  Vorberechnung der Bindung von Liganden an ihren Rezeptor

• rec: avogadro

  System für Molekülgrafiken und -modellierung

• rec: axe-demultiplexer

  Trie-based DNA sequencing read demultiplexer

• rec: baitfisher

  software package for designing hybrid enrichment probes

• rec: bali-phy

  Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

• rec: ballview

  Freies Werkzeug für Molekulardesign und -grafiken

• rec: bamtools

  toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files

• rec: bandage

  Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily

• rec: barrnap

  rapid ribosomal RNA prediction

• rec: bcbio

  toolkit for analysing high-throughput sequencing data

• rec: bcftools

  Aufruf und Manipulation genomischer Varianten von VCF/BCF-Dateien

• rec: beads

  2-DE electrophoresis gel image spot detection

• rec: beagle

  Genotype calling, genotype phasing and imputation of ungenotyped markers

• rec: beast-mcmc

  Bayesian MCMC phylogenetic inference

• rec: beast2-mcmc

  Bayesian MCMC phylogenetic inference

• rec: bedops

  high-performance genomic feature operations

• rec: bedtools

  Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale

• rec: belvu

  multiple sequence alignment viewer and phylogenetic tool

• rec: berkeley-express

  Streaming quantification for high-throughput sequencing

• rec: bio-eagle

  Haplotype phasing within a genotyped cohort or using a phased reference panel

• rec: bio-rainbow

  clustering and assembling short reads for bioinformatics

• rec: bio-tradis

  analyse the output from TraDIS analyses of genomic sequences

• rec: biosyntax

  Syntaxhervorhebung für Computational Biology (Metapaket)

• rec: bitseq

  Bayesian Inference of Transcripts from Sequencing Data

• rec: blasr

  mapping single-molecule sequencing reads

• rec: blixem

  interactive browser of sequence alignments

• rec: bolt-lmm

  Efficient large cohorts genome-wide Bayesian mixed-model association testing

• rec: bowtie

  Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

• rec: bowtie2

  Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

• rec: boxshade

  Pretty-printing von multiplen Sequenzalignments

• rec: bppphyview

  Bio++ Phylogenetic Viewer

• rec: bppsuite

  Bio++ program suite

• rec: brig

  BLAST Ring Image Generator

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• rec: canu

  single molecule sequence assembler for genomes

• rec: cassiopee

  index and search tool in genomic sequences

• rec: cct

  visually comparing bacterial, plasmid, chloroplast, or mitochondrial sequences

• rec: cd-hit

  Programme zur schnellen Gruppierung von Sequenzen

• rec: cdbfasta

  CDB-Werkzeuge zur Indizierung und Abfrage für multi-FASTA-Dateien

• rec: centrifuge

  rapid and memory-efficient system for classification of DNA sequences

• rec: cgview

  Circular Genome Viewer

• rec: changeo

  Repertoire clonal assignment toolkit (Python 3)

• rec: chimeraslayer

  detects likely chimeras in PCR amplified DNA

• rec: chromhmm

  Chromatin state discovery and characterization

• rec: chromimpute

  Large-scale systematic epigenome imputation

• rec: circlator

  circularize genome assemblies

• rec: circos

  Kurvenzeichner (Plotter) zur Datenvisualisierung

• rec: clearcut

  extremely efficient phylogenetic tree reconstruction

• rec: clonalframe

  inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data

• rec: clonalframeml

  Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

• rec: clonalorigin

  inference of homologous recombination in bacteria using whole genome sequences

• rec: clustalo

  Universalprogramm für multiple Sequenzalignments (MSA) von Proteinen

• rec: clustalw

  Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen

• rec: clustalx

  Multiples Alignment von Nukleotid- und Proteinsequenzen (grafische Oberfläche)

• rec: cnvkit

  Copy number variant detection from targeted DNA sequencing

• rec: codonw

  Correspondence Analysis of Codon Usage

• rec: concavity

  Vorhersage von Proteinliganden-Bindungsstellen mittels Struktur und Konservierung

• rec: conservation-code

  Werkzeug zur Bewertung von Proteinsequenz-Konservierung

• rec: crac

  integrated RNA-Seq read analysis

• rec: csb

  Computational Structural Biology Toolbox (CSB)

• rec: cutadapt

  Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

• rec: daligner

  local alignment discovery between long nucleotide sequencing reads

• rec: datamash

  statistics tool for command-line interface

• rec: dawg

  simulate the evolution of recombinant DNA sequences

• rec: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• rec: deepnano

  alternative basecaller for MinION reads of genomic sequences

• rec: delly

  Structural variant discovery by read analysis

• rec: dialign

  Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment

• rec: dialign-tx

  Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment

• rec: diamond-aligner

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

• rec: dindel

  determines indel calls from short-read data

• rec: discosnp

  discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads

• rec: disulfinder

  Vorhersage der Disulfidbindungen von Cysteinen und deren Verbindungsfähigkeit

• rec: dnaclust

  tool for clustering millions of short DNA sequences

• rec: dotter

  detailed comparison of two genomic sequences

• rec: dssp

  Sekundärstruktur-Zuordnung bei Proteinen, basierend auf 3D-Struktur

• rec: dwgsim

  short sequencing read simulator

• rec: e-mem

  Efficient computation of Maximal Exact Matches for very large genomes

• rec: ea-utils

  command-line tools for processing biological sequencing data

• rec: ecopcr

  Abschätzen der Qualität von PCR-Barcode-Primern

• rec: edtsurf

  Triangulierte Gitteroberflächen für Proteinstrukturen

• rec: eigensoft

  reduction of population bias for genetic analyses

• rec: elph

  DNA/protein sequence motif finder

• rec: embassy-domainatrix

  Zusätzliche EMBOSS-Kommandos zur Arbeit mit Domänen-Klassendateien

• rec: embassy-domalign

  Zusätzliche EMBOSS-Befehle für Alignments mit Proteindomänen

• rec: embassy-domsearch

  Zusätzliche EMBOSS-Befehle zur Suche von Proteindomänen

• rec: emboss

  Europäische, quelloffene Software-Suite für Molekularbiologie

• rec: estscan

  ORF-independent detector of coding DNA sequences

• rec: examl

  Exascale Maximum Likelihood (ExaML) code for phylogenetic inference

• rec: exonerate

  Generisches Werkzeug zum paarweisen Sequenzvergleich

• rec: fastahack

  utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

• rec: fastaq

  FASTA and FASTQ file manipulation tools

• rec: fastdnaml

  Werkzeug zum Aufbau phylogenetischer Bäume von DNA-Sequenzen

• rec: fastlink

  Schnellere Version der Stammbaum-Programme von Linkage

• rec: fastml

  maximum likelihood ancestral amino-acid sequence reconstruction

• rec: fastp

  Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

• rec: fastqc

  quality control for high throughput sequence data

• rec: fastqtl

  Quantitative Trait Loci (QTL) mapper in cis for molecular phenotypes

• rec: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• rec: fastx-toolkit

  Vorverarbeitung kurzer FASTQ/A-Nukleotidsequenzen

• rec: ffindex

  simple index/database for huge amounts of small files

• rec: figtree

  Grafischer Betrachter für phylogenetische Bäume

• rec: fitgcp

  fitting genome coverage distributions with mixture models

• rec: flexbar

  flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms

• rec: fml-asm

  tool for assembling Illumina short reads in small regions

• rec: freebayes

  Bayesian haplotype-based polymorphism discovery and genotyping

• rec: freecontact

  fast protein contact predictor

• rec: fsa

  Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences

• rec: fsm-lite

  frequency-based string mining (lite)

• rec: gamgi

  General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI)

• rec: garli

  phylogenetic analysis of molecular sequence data using maximum-likelihood

• rec: garlic

  visualization program for biomolecules

• rec: gasic

  genome abundance similarity correction

• rec: gatb-core

  Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph

• rec: gbrowse

  GMODs Generic Genome Browser

• rec: gdpc

  Visualisiert Molekulardynamik-Simulationen

• rec: gemma

  Genome-wide Efficient Mixed Model Association

• rec: genometester

  toolkit for performing set operations on k-mer lists

• rec: genometools

  Vielseitiger Werkzeugsatz für Genomanalysen

• rec: gentle

  Suite zur Planung von genetischem Klonen

• rec: gff2aplot

  pair-wise alignment-plots for genomic sequences in PostScript

• rec: gff2ps

  Erstellt PostScript-Grafiken aus GFF-Dateien

• rec: ghemical

  GNOME-Umgebung für molekulare Modellierung

• rec: ghmm

  General Hidden-Markov-Model library - tools

• rec: giira

  RNA-Seq driven gene finding incorporating ambiguous reads

• rec: glam2

  Unterbrochene Protein-Motive aus ungeordneten Sequenzen

• rec: grabix

  wee tool for random access into BGZF files

• rec: graphlan

  circular representations of taxonomic and phylogenetic trees

• rec: grinder

  Vielseitige Simulation von -omik-Shotgun und -Amplikonsquenzierungen

• rec: gromacs

  Simulator für Moleküldynamik, Werkzeuge für das Erstellen der Modelle und deren Analyse

• rec: gubbins

  phylogenetic analysis of genome sequences

• rec: gwama

  Metaanalysen für genomweite Assoziationen

• rec: harvest-tools

  archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments

• rec: hhsuite

  Sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf HMM-HMM-Alignment

• rec: hilive

  realtime alignment of Illumina reads

• rec: hinge

  long read genome assembler based on hinging

• rec: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• rec: hmmer

  Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

• rec: hmmer2

  Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

• rec: hyphy-mpi

  Hypothesentest unter Verwendung von Phylogenie (MPI-Version)

  oder hyphy-pt

  Hypothesentest unter Verwendung von Phylogenie (pthreads-Version)

• rec: idba

  iterative De Bruijn Graph short read assemblers

• rec: igor

  infers V(D)J recombination processes from sequencing data

• rec: indelible

  powerful and flexible simulator of biological evolution

• rec: infernal

  Rückschluss auf Alignments der RNA-Sekundärstruktur

• rec: ipig

  integrating PSMs into genome browser visualisations

• rec: iqtree

  efficient phylogenetic software by maximum likelihood

• rec: iva

  iterative virus sequence assembler

• rec: jaligner

  Smith-Waterman algorithm with Gotoh's improvement

• rec: jellyfish

  Zählt k-mere in DNA-Sequenzen

• rec: jellyfish1

  count k-mers in DNA sequences

• rec: jmodeltest

  HPC selection of models of nucleotide substitution

• rec: jmol

  Programm zur Darstellung von Molekülen

• rec: kalign

  Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment

• rec: khmer

  in-memory DNA sequence kmer counting, filtering & graph traversal

• rec: kineticstools

  detection of DNA modifications

• rec: king-probe

  Evaluate and visualize protein interatomic packing

• rec: kissplice

  Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data

• rec: kmc

  count kmers in genomic sequences

• rec: kmer

  Programmsuite für die DNA-Sequenzanalyse

• rec: kraken

  assigning taxonomic labels to short DNA sequences

• rec: lagan

  highly parametrizable pairwise global genome sequence aligner

• rec: lamarc

  Likelihood Analysis with Metropolis Algorithm using Random Coalescence

• rec: lambda-align

  Local Aligner for Massive Biological DatA

• rec: lambda-align2

  Local Aligner for Massive Biological DatA - v2

• rec: last-align

  Vergleich biologischer Sequenzen für Genome

• rec: leaff

  biological sequence library utilities and applications

• rec: lefse

  determine features of organisms, clades, taxonomic units, genes

• rec: librg-utils-perl

  Parser und Programme für Formatkonvertierungen, verwendet von (z.B.) profphd

• rec: libvcflib-tools

  C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)

• rec: logol

  Pattern matching tool using Logol language

• rec: loki

  MCMC Linkage-Analyse auf allgemeine Stammbäume

• rec: ltrsift

  Nachbearbeitung und Klassifikation von LTR-Retrotransposonen

• rec: lucy

  DNA sequence quality and vector trimming tool

• rec: macs

  Model-based Analysis of ChIP-Seq on short reads sequencers

• rec: macsyfinder

  detection of macromolecular systems in protein datasets

• rec: maffilter

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format

• rec: mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

• rec: mapdamage

  tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences

• rec: mapsembler2

  bioinformatics targeted assembly software

• rec: maq

  Kartiert kurze polymorphe DNA-Sequenzen mit fester Länge auf Referenzsequenzen

• rec: maqview

  graphical read alignment viewer for short gene sequences

• rec: mash

  fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

• rec: mauve-aligner

  multiple genome alignment

• rec: melting

  Berechnet die Schmelztemperatur eines Nukleinsäure-Doppelhelix

• rec: meryl

  in- and out-of-core kmer counting and utilities

• rec: metaphlan2

  Metagenomic Phylogenetic Analysis

• rec: metastudent

  predictor of Gene Ontology terms from protein sequence

• rec: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• rec: microbegps

  explorative taxonomic profiling tool for metagenomic data

• rec: microbiomeutil

  Microbiome Analysis Utilities

• rec: minia

  short-read biological sequence assembler

• rec: miniasm

  ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

• rec: minimac4

  Fast Imputation Based on State Space Reduction HMM

• rec: minimap

  tool for approximate mapping of long biosequences such as DNA reads

• rec: minimap2

  versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

• rec: mipe

  Werkzeuge zum Speichern von PCR-abgeleiteten Daten

• rec: mira-assembler

  Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler

• rec: mlv-smile

  Findet statistisch signifikante Sequenzmuster

• rec: mothur

  Sequenzanalysen-Suite zur Forschung an Mikrobiota

• rec: mptp

  single-locus species delimitation

• rec: mrbayes

  Bayessche Inferenz der Phylogenie

• rec: mummer

  Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome

• rec: murasaki

  homology detection tool across multiple large genomes

  oder murasaki-mpi

  homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

• rec: muscle

  Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen

• rec: mustang

  Struktur-Alignment mehrerer Proteine

• rec: nanook

  pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data

• rec: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• rec: nast-ier

  NAST-based DNA alignment tool

• rec: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• rec: ncbi-blast+-legacy

  NCBI Blast legacy call script

• rec: ncbi-entrez-direct

  NCBI Entrez utilities on the command line

• rec: ncbi-epcr

  Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites

• rec: ncbi-seg

  tool to mask segments of low compositional complexity in amino acid sequences

• rec: ncbi-tools-bin

  NCBI libraries for biology applications (text-based utilities)

• rec: ncbi-tools-x11

  NCBI-Bibliotheken für Biologieprogramme (unter X)

• rec: ncl-tools

  tools to deal with NEXUS files

• rec: ncoils

  coiled coil secondary structure prediction

• rec: neobio

  computes alignments of amino acid and nucleotide sequences

• rec: njplot

  Programm zur Darstellung phylogenetischer Bäume

• rec: norsnet

  tool to identify unstructured loops in proteins

• rec: norsp

  predictor of non-regular secondary structure

• rec: obitools

  programs to analyze NGS data in a DNA metabarcoding context

• rec: openms

  Paket für Verwaltung und Analyse von LC/MS-Daten

• rec: pal2nal

  converts proteins to genomic DNA alignment

• rec: paleomix

  pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data

• rec: paml

  Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)

• rec: paraclu

  Parametric clustering of genomic and transcriptomic features

• rec: parsinsert

  Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees

• rec: parsnp

  rapid core genome multi-alignment

• rec: patman

  rapid alignment of short sequences to large databases

• rec: pbalign

  map Pacific Biosciences reads to reference DNA sequences

• rec: pbbarcode

  annotate PacBio sequencing reads with barcode information

• rec: pbdagcon

  sequence consensus using directed acyclic graphs

• rec: pbgenomicconsensus

  Pacific Biosciences variant and consensus caller

• rec: pbh5tools

  tools for manipulating Pacific Biosciences HDF5 files

• rec: pbhoney

  genomic structural variation discovery

• rec: pbjelly

  genome assembly upgrading tool

• rec: pbsim

  simulator for PacBio sequencing reads

• rec: pbsuite

  software for Pacific Biosciences sequencing data

• rec: pdb2pqr

  Preparation of protein structures for electrostatics calculations

• rec: perlprimer

  Grafischer Entwurf von Primern für PCR

• rec: perm

  efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds

• rec: pftools

  build and search protein and DNA generalized profiles

• rec: phast

  phylogenetic analysis with space/time models

• rec: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• rec: phybin

  binning/clustering newick trees by topology

• rec: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• rec: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• rec: physamp

  sample sequence alignment corresponding to phylogeny

• rec: phyutility

  simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices

• rec: phyx

  UNIX-style phylogenetic analyses on trees and sequences

• rec: picard-tools

  Kommandozeilenwerkzeuge zur Bearbeitung von SAM- und BAM-Dateien

• rec: piler

  genomic repeat analysis

• rec: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• rec: pirs

  Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

• rec: placnet

  Plasmid Constellation Network project

• rec: plasmidomics

  Zeichnen von Plasmiden und Vektorkarten mit PostScript-Grafikexport

• rec: plasmidseeker

  identification of known plasmids from whole-genome sequencing reads

• rec: plast

  Parallel Local Sequence Alignment Search Tool

• rec: plink

  Werkzeugsatz für die Analyse von Zusammenhängen im gesamten Genom

• rec: plink1.9

  Werkzeugsatz für die Analyse von Zusammenhängen im gesamten Genom

• rec: plip

  fully automated protein-ligand interaction profiler

• rec: poa

  Partial Order Alignment for multiple sequence alignment

• rec: populations

  population genetic software

• rec: porechop

  adapter trimmer for Oxford Nanopore reads

• rec: poretools

  toolkit for nanopore nucleotide sequencing data

• rec: prank

  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

• rec: predictnls

  prediction and analysis of protein nuclear localization signals

• rec: predictprotein

  suite of protein sequence analysis tools

• rec: prime-phylo

  bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

• rec: primer3

  tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification

• rec: proalign

  Probabilistic multiple alignment program

• rec: probabel

  Werkzeugsatz für genomweite Assoziationsanalyse

• rec: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• rec: probcons

  PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment

• rec: proda

  Mulitple Alignments von Proteinsequenzen

• rec: prodigal

  Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

• rec: profbval

  predictor of flexible/rigid protein residues from sequence

• rec: profisis

  prediction of protein-protein interaction sites from sequence

• rec: profnet-bval

  neural network architecture for profbval

• rec: profnet-chop

  neural network architecture for profchop

• rec: profnet-con

  neural network architecture for profcon

• rec: profnet-isis

  neural network architecture for profisis

• rec: profnet-md

  neural network architecture for metadisorder

• rec: profnet-norsnet

  neural network architecture for norsnet

• rec: profnet-prof

  neural network architecture for profacc

• rec: profnet-snapfun

  neural network architecture for snapfun

• rec: profphd

  secondary structure and solvent accessibility predictor

• rec: profphd-net

  neural network architecture for profphd

• rec: profphd-utils

  profphd helper utilities convert_seq and filter_hssp

• rec: proftmb

  per-residue prediction of bacterial transmembrane beta barrels

• rec: progressivemauve

  multiple genome alignment algorithms

• rec: proteinortho

  Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

• rec: prottest

  selection of best-fit models of protein evolution

• rec: pscan-chip

  ChIP-based identifcation of TF binding sites

• rec: pscan-tfbs

  search for transcription factor binding sites

• rec: psortb

  bacterial localization prediction tool

• rec: pycorrfit

  tool for fitting correlation curves on a logarithmic plot

• rec: pymol

  Grafiksystem für Moleküle

• rec: pynast

  alignment of short DNA sequences

• rec: pyscanfcs

  Wissenschaftliches Werkzeug für senkrechte Zeilenabtastung (FCS)

• rec: python-cogent

  Rahmenwerk für genomische Biologie

• rec: python3-biomaj3-daemon

  BioMAJ daemon library

• rec: python3-gffutils

  Work with GFF and GTF files in a flexible database framework

• rec: python3-presto

  toolkit for processing B and T cell sequences

• rec: python3-pybedtools

  Python 3 wrapper around BEDTools for bioinformatics work

• rec: python3-pybel

  Biological Expression Language

• rec: python3-sqt

  SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data

• rec: pyvcf

  helper scripts for Variant Call Format (VCF) parser

• rec: qcumber

  quality control of genomic sequences

• rec: qtltools

  Tool set for molecular QTL discovery and analysis

• rec: quorum

  QUality Optimized Reads of genomic sequences

• rec: qutemol

  interactive visualization of macromolecules

• rec: r-bioc-annotate

  BioConductor annotation for microarrays

• rec: r-bioc-biostrings

  GNU R string objects representing biological sequences

• rec: r-bioc-bitseq

  transcript expression inference and analysis for RNA-seq data

• rec: r-bioc-cner

  CNE Detection and Visualization

• rec: r-bioc-cummerbund

  tool for analysis of Cufflinks RNA-Seq output

• rec: r-bioc-deseq2

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• rec: r-bioc-dnacopy

  R package: DNA copy number data analysis

• rec: r-bioc-ebseq

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• rec: r-bioc-genefilter

  methods for filtering genes from microarray experiments

• rec: r-bioc-geneplotter

  R package of functions for plotting genomic data

• rec: r-bioc-gviz

  Plotting data and annotation information along genomic coordinates

• rec: r-bioc-hilbertvis

  GNU-R-Paket zur Visualisierung langer Datenvektoren

• rec: r-bioc-impute

  Imputation for microarray data

• rec: r-bioc-limma

  linear models for microarray data

• rec: r-bioc-mergeomics

  Integrative network analysis of omics data

• rec: r-bioc-metagenomeseq

  GNU R statistical analysis for sparse high-throughput sequencing

• rec: r-bioc-pcamethods

  BioConductor collection of PCA methods

• rec: r-bioc-phyloseq

  GNU R handling and analysis of high-throughput microbiome census data

• rec: r-bioc-rtracklayer

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• rec: r-bioc-tfbstools

  GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis

• rec: r-cran-adegenet

  GNU R exploratory analysis of genetic and genomic data

• rec: r-cran-adephylo

  GNU R exploratory analyses for the phylogenetic comparative method

• rec: r-cran-alakazam

  Immunoglobulin Clonal Lineage and Diversity Analysis

• rec: r-cran-ape

  GNU R package for Analyses of Phylogenetics and Evolution

• rec: r-cran-bio3d

  GNU-R-Paket für biologische Strukturanalyse

• rec: r-cran-distory

  GNU R distance between phylogenetic histories

• rec: r-cran-genabel

  GNU R package for genome-wide SNP association analysis

• rec: r-cran-metamix

  GNU R bayesian mixture analysis for metagenomic community profiling

• rec: r-cran-phangorn

  GNU-R-Paket für die phylogenetische Analyse

• rec: r-cran-phytools

  GNU R phylogenetic tools for comparative biology

• rec: r-cran-pscbs

  R package: Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers

• rec: r-cran-qtl

  GNU R package for genetic marker linkage analysis

• rec: r-cran-rotl

  GNU R interface to the 'Open Tree of Life' API

• rec: r-cran-samr

  GNU R significance analysis of microarrays

• rec: r-cran-sdmtools

  Species Distribution Modelling Tools

• rec: r-cran-seqinr

  GNU R biological sequences retrieval and analysis

• rec: r-cran-shazam

  Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis

• rec: r-cran-tcr

  Advanced Data Analysis of Immune Receptor Repertoires

• rec: r-cran-tigger

  Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data

• rec: r-cran-treescape

  GNU R Statistical Exploration of Landscapes of Phylogenetic Trees

• rec: r-cran-vegan

  Community Ecology Package for R

• rec: r-other-hms-dbmi-spp

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-cran-spp

• rec: r-other-mott-happy.hbrem

  GNU R package for fine-mapping complex diseases

• rec: racon

  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

• rec: radiant

  explore hierarchical metagenomic data with zoomable pie charts

• rec: rambo-k

  Read Assignment Method Based On K-mers

• rec: rampler

  module for sampling genomic sequences

• rec: rapmap

  rapid sensitive and accurate DNA read mapping via quasi-mapping

• rec: rasmol

  Visualisierung biologischer Makromoleküle

• rec: raster3d

  Werkzeuge zum Erstellen von hochqualitativen Rasterbildern von Proteinen oder anderen Molekülen

• rec: rate4site

  detector of conserved amino-acid sites

• rec: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• rec: ray

  De-novo-Genomassemblierung von »Next Generation Sequencing«-Daten

• rec: rdp-alignment

  Ribosomal Database Project (RDP) alignment tools package

• rec: rdp-classifier

  extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s

• rec: rdp-readseq

  RDPs Bibliothek zum Sequenzlesen und -schreiben

• rec: readseq

  Umwandlung von Sequenzformaten

• rec: reapr

  universal tool for genome assembly evaluation

• rec: relion-bin

  toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

  oder relion-bin+mpi

  parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

• rec: relion-bin+gui

  parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

  oder relion-bin+mpi+gui

  parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

• rec: repeatmasker-recon

  finds repeat families from biological sequences

• rec: reprof

  protein secondary structure and accessibility predictor

• rec: rna-star

  ultrafast universal RNA-seq aligner

• rec: rnahybrid

  Schnelle und effektive Vorhersage von microRNA/Vergleichsmuster-Duplexen

• rec: roary

  high speed stand alone pan genome pipeline

• rec: roguenarok

  versatile and scalable algorithm for rogue taxon identification

• rec: rsem

  RNA-Seq by Expectation-Maximization

• rec: rtax

  Classification of sequence reads of 16S ribosomal RNA gene

• rec: runcircos-gui

  Grafisches Werkzeug zum Ausführen des Kurvenzeichners Circos

• rec: saint

  Significance Analysis of INTeractome

• rec: salmon

  wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

• rec: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: scoary

  pangenome-wide association studies

• rec: scrm

  simulator of evolution of genetic sequences

• rec: scythe

  Bayesian adaptor trimmer for sequencing reads

• rec: seaview

  Schnittstelle mehrerer Plattformen für Sequenzalignments und Phylogenie

• rec: seer

  genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

• rec: segemehl

  short read mapping with gaps

• rec: seqan-apps

  C++ library for the analysis of biological sequences

• rec: seqmagick

  imagemagick-like frontend to Biopython SeqIO

• rec: seqprep

  stripping adaptors and/or merging paired reads of DNA sequences with overlap

• rec: seqsero

  Salmonella serotyping from genome sequencing data

• rec: seqtk

  Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

• rec: sga

  de novo genome assembler that uses string graphs

• rec: sibsim4

  Richtet exprimierte RNA-Sequenzen an einer DNA-Vorlage aus

• rec: sickle

  windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality

• rec: sigma-align

  Einfache multiple Alignments nicht-kodierender DNA-Sequenzen

• rec: sim4

  Werkzeug für Alignments von cDNA mit genomischer DNA

• rec: sim4db

  batch spliced alignment of cDNA sequences to a target genome

• rec: smalr

  interrogation of the methylation status of nucleotide sequencing reads

• rec: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• rec: smithwaterman

  determine similar regions between two strings or genomic sequences

• rec: snap

  location of genes from DNA sequence with hidden markov model

• rec: snap-aligner

  Scalable Nucleotide Alignment Program

• rec: sniffles

  structural variation caller using third-generation sequencing

• rec: snp-sites

  Binary code for the package snp-sites

• rec: snpomatic

  fast, stringent short-read mapping software

• rec: soapaligner

  aligner of short reads of next generation sequencers

• rec: soapdenovo

  short-read assembly method to build de novo draft assembly

• rec: soapdenovo2

  Assembler, der Reads zu einem de-novo-Entwurf zusammenfügt

• rec: soapsnp

  resequencing utility that can assemble consensus sequence of genomes

• rec: sortmerna

  tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

• rec: spaced

  alignment-free sequence comparison using spaced words

• rec: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

• rec: spoa

  SIMD partial order alignment tool

• rec: sprai

  single-pass sequencing read accuracy improver

• rec: spread-phy

  analyze and visualize phylogeographic reconstructions

• rec: squizz

  Konverter für genetische Sequenzen und Alignierungen

• rec: sra-toolkit

  utilities for the NCBI Sequence Read Archive

• rec: srst2

  Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

• rec: ssake

  Genomische Anwendung, die Millionen sehr kurzer DNA-Sequenzen zusammenführt

• rec: sspace

  scaffolding pre-assembled contigs after extension

• rec: ssw-align

  Smith-Waterman aligner based on libssw

• rec: stacks

  pipeline for building loci from short-read DNA sequences

• rec: staden

  DNA sequence assembly (Gap4/Gap5), editing and analysis tools

• rec: staden-io-lib-utils

  programs for manipulating DNA sequencing files

• rec: subread

  toolkit for processing next-gen sequencing data

• rec: suitename

  categorize each suite in an RNA backbone

• rec: sumaclust

  fast and exact clustering of genomic sequences

• rec: sumatra

  fast and exact comparison and clustering of sequences

• rec: sumtrees

  Phylogenetic Tree Summarization and Annotation

• rec: surankco

  Supervised Ranking of Contigs in de novo Assemblies

• rec: swarm

  Robuste und schnelle Clustering-Methode für ampliconbasierte Studien

• rec: sweed

  assessment of SNPs for their evolutionary advantage

• rec: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

• rec: tabix

  Allgemeiner Indexierer für tabulator-getrennte Genom-Positions-Dateien

• rec: tantan

  low complexity and tandem repeat masker for biosequences

• rec: theseus

  Maximum-Likelihood-Überlagerung von Makromolekülen

• rec: tigr-glimmer

  Generkennung in Genomen von Bakterien und Archaebakterien

• rec: tm-align

  structural alignment of proteins

• rec: tnseq-transit

  statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions

• rec: toil

  cross-platform workflow engine

• rec: tophat

  fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

• rec: topp

  set of programs implementing The OpenMS Proteomic Pipeline

• rec: toppred

  transmembrane topology prediction

• rec: trace2dbest

  bulk submission of chromatogram data to dbEST

• rec: tracetuner

  interpretation of DNA Sanger sequencing data

• rec: transdecoder

  find coding regions within RNA transcript sequences

• rec: transrate-tools

  Unterstützung für transrate

• rec: transtermhp

  find rho-independent transcription terminators in bacterial genomes

• rec: tree-puzzle

  Rekonstruktion phylogenetischer Bäume durch »Maximum Likelihood«

  oder tree-ppuzzle

  Parallelisierte Rekonstruktion phylogenetischer Bäume durch »Maximum Likelihood«

• rec: treeview

  Java re-implementation of Michael Eisen's TreeView

• rec: treeviewx

  Anzeige und Druck phylogenetischer Bäume

• rec: trimmomatic

  flexible read trimming tool for Illumina NGS data

• rec: trinityrnaseq

  RNA-Seq De novo Assembly

• rec: tvc

  genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

• rec: uc-echo

  error correction algorithm designed for short-reads from NGS

• rec: unanimity

  generate and process accurate consensus nucleotide sequences

• rec: unicycler

  hybrid assembly pipeline for bacterial genomes

• rec: varna

  Visualization Applet for RNA

• rec: vcftools

  Collection of tools to work with VCF files

• rec: velvet

  Assembler für Sequenzen von Nukleinsäuren von sehr kleinen Bruchstücken (»short reads«)

  oder velvet-long

  Nucleic acid sequence assembler for very short reads, long version

• rec: velvetoptimiser

  automatically optimise Velvet do novo assembly parameters

• rec: viewmol

  graphical front end for computational chemistry programs

• rec: vsearch

  tool for processing metagenomic sequences

• rec: wigeon

  reimplementation of the Pintail 16S DNA anomaly detection utility

• rec: wise

  Vergleich biologischer Polymere, wie DNA- und Protein-Sequenzen

• rec: yaha

  find split-read mappings on single-end queries

• rec: zalign

  parallel local alignment of biological sequences

• sug: acacia

  Paket nicht verfügbar

• sug: adun.app

  Molekularsimulator für GNUstep (grafische Oberfläche)

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  Paket nicht verfügbar

• sug: amoscmp

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• sug: annovar

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• sug: apollo

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• sug: arachne

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• sug: arb

  phylogenetic sequence analysis suite - main program

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  blocks database improved searcher

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  simulations of chemical reactions

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• sug: cluster3

  Reimplementation of the Eisen-clustering software

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• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

• sug: cytoscape

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  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

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• sug: embassy-phylip

  EMBOSS conversions of the programs in the phylip package

• sug: emboss-explorer

  Web-basierte grafische Oberfläche für EMBOSS

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  tools for searching collections of biological sequences

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  management of external databases

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  spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

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  high-performance logical framework

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  predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data files

• sug: metastudent-data-2

  predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data #2

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  Computer Aided Drug Discovery (CADD) Pipeline

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  Python-based Visual Programming Environment

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  program tutorials for the mobyle portal

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  Informationsabfragesystem für biomedizinische Datenbanken

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  GNU R client to access AnnotationHub resources

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  BioConductor methods normalization and visualization of microarray data

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  GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database

• sug: r-bioc-go.db

  annotation maps describing the entire Gene Ontology

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  GNU R parse and analyze Illumina SAV files

• sug: r-cran-boolnet

  assembling, analyzing and visualizing Boolean networks

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  GNU R package to create pretty heatmaps

• sug: r-cran-qqman

  R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots

• sug: r-cran-rentrez

  GNU R interface to the NCBI's EUtils API

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  workflow management systems useful for scientific research

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  simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences

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  predicts if a substitution in a protein has a phenotypic effect

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  arranges water molecules around protein structures

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  detection of transfer RNA genes in genomic sequence

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  variant detection in next-generation sequencing data

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