Paket: mummer (3.23+dfsg-4)

Links für mummer

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Quellcode-Paket mummer herunterladen:

Betreuer:

Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
Steffen Moeller (QS-Seite)
Andreas Tille (QS-Seite)
Charles Plessy (QS-Seite)

Externe Ressourcen:

Homepage [mummer.sourceforge.net]

Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome

MUMmer ist eine Umgebung für ein schnelles Alignment ganzer Genome, ob in endgültiger Form oder als noch unvollständiges Assembly. MUMmer 3.0 etwa findet alle exakten Übereinstimmungen von einer Länge von wenigstens 20 Basenpaaren zwischen einem Paar von 5 Megabyte Genomen in 13,7 Sekunden, mit einem Speicherbedarf von 78 MB auf einem 2,4GHz Linux Desktop-Computer. MUMmer kann auch unvollständige Genome alignen, es kann mit hunderten oder tausenden von sequenzierten Bereichen leicht umgehen, wie sie im Shotgun-Sequencing-Verfahren anfallen. Über das mitgelieferte Programm NUCmer sind Vergleiche zwischen zwei solcher Mengen von Sequenzen unterstützt. Sind die Spezies zu divergierend, dann kann das Programm PROCmer Alignments bestimmen, die auf den six-frame-Translationen beider Input-Sequenzen basieren.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, works-with-format::TODO, Unterstützt Formate: Reiner Text, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

Andere Pakete mit Bezug zu mummer

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: gawk

GNU awk, eine Mustererkennungs- und Verarbeitungssprache
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

dep: libc6 (>= 2.7) [armhf, i386]
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [nicht armhf]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

mummer herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	789,6 kB	1.912,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	770,4 kB	1.828,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	759,5 kB	1.507,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	793,9 kB	1.891,0 kB	[Liste der Dateien]