Paket: parsnp (1.2+dfsg-5)

[ Quellcode: parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Andere Pakete mit Bezug zu parsnp

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [nicht armhf]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: mummer

  Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python2-Version)

• dep: python-numpy

  Numerical Python fügt der Sprache Python eine schnelle Array-Einrichtung hinzu

• rec: python-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 2)

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	516,2 kB	913,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	508,8 kB	873,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	492,4 kB	784,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	518,4 kB	920,0 kB	[Liste der Dateien]