Paket: tophat (2.1.1+dfsg1-2 und andere)

[ Quellcode: tophat  ]

fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

TopHat aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. TopHat is a collaborative effort between the University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology and the University of California, Berkeley Departments of Mathematics and Molecular and Cell Biology.

Andere Pakete mit Bezug zu tophat

• dep: bowtie2

  Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

  oder bowtie

  Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

• dep: libboost-system1.67.0

  Betriebssystemsbibliothek (etwa Unterstützung der Diagnostik)

• dep: libboost-thread1.67.0

  Portierbares C++-Multi-Threading

• dep: libc6 (>= 2.15) [amd64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python2-Version)

• dep: samtools (>= 1.5)

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	2.1.1+dfsg1-2+b1	654,2 kB	3.832,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.1.1+dfsg1-2+b1	591,7 kB	3.567,0 kB	[Liste der Dateien]