Paket: sim4 (0.0.20121010-5)
Links für sim4
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket sim4 herunterladen:
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Nelson A. de Oliveira (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [globin.bx.psu.edu]
Ähnliche Pakete:
Werkzeug für Alignments von cDNA mit genomischer DNA
sim4 ist ein ähnlichkeits-basiertes Werkzeug und erstellt Alignments von exprimierten DNA-Sequenzen (EST, cDNA, mRNA) mit den genomischen Sequenzen des jeweiligen Gens. Das Programm entdeckt und paart Sequenzen, wenn die zwei Eingabesequenzen an einem Ende überlappen (z.B. wenn der Anfang der einen Sequenz mit dem Ende der Anderen überlappt).
sim4 setzt eine auf »Blast« basierende Technik ein, um die passenden Blöcke, die die »exon cores« darstellen, zu ermitteln. In der ersten Phase werden alle möglichen exakten Paare von W-meren (z.B. DNA-Wörter der Länge W) zwischen den zwei Sequenzen ermittelt und diese zu maximalen Gap-freien Segmenten erweitert. In der zweiten Phase werden die »exon cores« zu benachbarten, noch ungepaarten Fragmenten erweitert. Dabei werden auf der Suche nach der besten Übereinstimmung verschiedene »greedy«-Näherungsalgorithmen und Heuristiken genutzt, um Strukturen an die splice-site-Erkennungssignale (GT-AG, CT-AC) anzupassen. Falls notwendig, wird der Prozess mit weniger strengen Parametern für die ungepaarten Fragmente wiederholt.
Andere Pakete mit Bezug zu sim4
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- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
- dep: libc6 (>= 2.7) [armhf, i386]
sim4 herunterladen
Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
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amd64 | 387,0 kB | 453,0 kB | [Liste der Dateien] |
arm64 | 380,3 kB | 441,0 kB | [Liste der Dateien] |
armhf | 379,7 kB | 416,0 kB | [Liste der Dateien] |
i386 | 387,6 kB | 460,0 kB | [Liste der Dateien] |