Пакет: samtools (1.21-1 и други)

[ Източник: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Етикети: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Други пакети, свързани с samtools

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3t64 (>= 1.21) [не ia64]

• dep: libncurses6 (>= 6)

  shared libraries for terminal handling

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  shared low-level terminfo library for terminal handling

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  compression library - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Изтегляне на samtools

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	1.21-1	645,2 кБ	1 874,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	1.21-1	651,5 кБ	1 447,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	1.21-1	622,5 кБ	1 679,0 кБ	[списък на файловете]
armel	1.21-1	614,7 кБ	1 672,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	1.21-1	617,9 кБ	1 544,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	1.21-1	647,1 кБ	1 387,0 кБ	[списък на файловете]
i386	1.21-1	683,3 кБ	1 572,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	1.19.2-1+b1	716,1 кБ	2 112,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	1.21-1	619,4 кБ	1 368,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	1.21-1	630,8 кБ	1 894,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	1.21-1	665,4 кБ	1 935,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	1.21-1	677,4 кБ	1 935,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	1.21-1	657,6 кБ	1 299,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	1.21-1	655,9 кБ	1 507,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	1.21-1	708,9 кБ	1 674,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	1.21-1	614,2 кБ	7 771,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	1.21-1	655,3 кБ	1 416,0 кБ	[списък на файловете]