Balík: samtools (1.21-1 a iné)

[ Zdroj: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Značky: Pole: Biológia, Bioinformatika, Implementované v: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Klient, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Sada nástrojov používateľského rozhrania: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtrovanie, Works with: Biologické sekvencie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom samtools

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3t64 (>= 1.21) [nie ia64]

• dep: libncurses6 (>= 6)

  zdieľané knižnice na obsluhu terminálu

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  zdieľaná nízkoúrovňová knižnica terminfo na obsluhu terminálu

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Stiahnuť samtools

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.21-1	645.2 kB	1,874.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.21-1	651.5 kB	1,447.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.21-1	622.5 kB	1,679.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1.21-1	614.7 kB	1,672.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1.21-1	617.9 kB	1,544.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1.21-1	647.1 kB	1,387.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.21-1	683.3 kB	1,572.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1.19.2-1+b1	716.1 kB	2,112.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.21-1	619.4 kB	1,368.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.21-1	630.8 kB	1,894.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1.21-1	665.4 kB	1,935.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.21-1	677.4 kB	1,935.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.21-1	657.6 kB	1,299.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.21-1	655.9 kB	1,507.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.21-1	708.9 kB	1,674.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.21-1	614.2 kB	7,771.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1.21-1	655.3 kB	1,416.0 kB	[zoznam súborov]