Pacote: samtools (1.21-1 e outros)

[ Fonte: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c, interface::commandline, Rede: Cliente, Protocolos de rede: FTP, protocol::http, role::program, Alcance: Utilitários, Kit de ferramentas de interface: Ncurses TUI, Propósito: use::analysing, use::calculating, Filtro, Funciona com: Sequência biológica

Outros pacotes relacionados a samtools

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3t64 (>= 1.21) [não ia64]

• dep: libncurses6 (>= 6)

  bibliotecas compartilhadas para manipulação do terminal

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  biblioteca de terminfo de baixo-nível compartilhada para manipulação de terminal

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [não alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Download de samtools

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.21-1	645.2 kB	1,874.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.21-1	651.5 kB	1,447.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.21-1	622.5 kB	1,679.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1.21-1	614.7 kB	1,672.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1.21-1	617.9 kB	1,544.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1.21-1	647.1 kB	1,387.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1.21-1	683.3 kB	1,572.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.19.2-1+b1	716.1 kB	2,112.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.21-1	638.9 kB	1,738.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1.21-1	619.4 kB	1,368.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.21-1	630.8 kB	1,894.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1.21-1	665.4 kB	1,935.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.21-1	677.4 kB	1,935.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.21-1	657.6 kB	1,299.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.21-1	655.9 kB	1,507.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1.21-1	708.9 kB	1,674.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1.21-1	614.2 kB	7,771.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1.21-1	655.3 kB	1,416.0 kB	[lista de arquivos]