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processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, ネットワークの利用方法: クライアント, ネットワークプロトコル: FTP, protocol::http, role::program, 対象範囲: ユーティリティ, インタフェースツールキット: Ncurses TUI, 目的: use::analysing, use::calculating, フィルタリング, 取り扱い対象: 生物学的配列

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アーキテクチャ バージョン パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
alpha (非公式の移植版) 1.20-3 633.1 kB1,804.0 kB [ファイル一覧]
amd64 1.20-3 637.6 kB1,409.0 kB [ファイル一覧]
arm64 1.20-3 609.3 kB1,673.0 kB [ファイル一覧]
armel 1.20-3 601.7 kB1,330.0 kB [ファイル一覧]
armhf 1.20-3 605.0 kB1,146.0 kB [ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版) 1.20-3 634.3 kB1,371.0 kB [ファイル一覧]
i386 1.20-3 672.3 kB1,538.0 kB [ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版) 1.19.2-1+b1 716.1 kB2,112.0 kB [ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版) 1.20-3 612.5 kB1,354.0 kB [ファイル一覧]
mips64el 1.20-3 615.2 kB1,824.0 kB [ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版) 1.20-3 652.6 kB1,929.0 kB [ファイル一覧]
ppc64el 1.20-3 662.7 kB1,929.0 kB [ファイル一覧]
riscv64 1.20-3 647.5 kB1,281.0 kB [ファイル一覧]
s390x 1.20-3 643.8 kB1,485.0 kB [ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版) 1.20-3 694.6 kB1,668.0 kB [ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版) 1.20-3 601.8 kB7,765.0 kB [ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版) 1.20-3 641.9 kB1,378.0 kB [ファイル一覧]