パッケージ: samtools (1.21-1 など)

[ ソース: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, ネットワークの利用方法: クライアント, ネットワークプロトコル: FTP, protocol::http, role::program, 対象範囲: ユーティリティ, インタフェースツールキット: Ncurses TUI, 目的: use::analysing, use::calculating, フィルタリング, 取り扱い対象: 生物学的配列

その他の samtools 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3t64 (>= 1.21) [ia64 以外]

• dep: libncurses6 (>= 6)

  端末処理用共有ライブラリ

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  端末を扱う低レベルの terminfo 共有ライブラリ

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4 以外]

  圧縮ライブラリ - ランタイム

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

samtools のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.21-1	645.2 kB	1,874.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.21-1	651.5 kB	1,447.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.21-1	622.5 kB	1,679.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.21-1	614.7 kB	1,672.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.21-1	617.9 kB	1,544.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	1.21-1	647.1 kB	1,387.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.21-1	683.3 kB	1,572.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.19.2-1+b1	716.1 kB	2,112.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.21-1	619.4 kB	1,368.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.21-1	630.8 kB	1,894.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.21-1	665.4 kB	1,935.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.21-1	677.4 kB	1,935.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.21-1	657.6 kB	1,299.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.21-1	655.9 kB	1,507.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	1.21-1	708.9 kB	1,674.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.21-1	614.2 kB	7,771.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.21-1	655.3 kB	1,416.0 kB	[ファイル一覧]