Pakiet: samtools (1.21-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: samtools  ]

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Samtools to zestaw narzędzi zarządzających dopasowaniami sekwencji nukleotydów w binarnym formacie BAM. Importuje i eksportuje do formatów ascii SAM (Sequence Alignment/Map) i CRAM, sortuje, łączy i indeksuje, a także umożliwia szybkie pobieranie odczytów z dowolnych regionów. Został zaprojektowany do pracy na strumieniu i może otwierać plik BAM lub CRAM (ale nie w formacie SAM) na zdalnym serwerze FTP lub HTTP.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Sieć: Klient, Protokół sieciowy: FTP, protocol::http, role::program, Zakres: Narzędzie, Pakiet narzędziowy interfejsu: Ncurses (terminalowy), Przeznaczenie: use::analysing, use::calculating, Filtrowanie, Działa z: Sekwencje biologiczne

Inne pakiety związane z samtools

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3t64 (>= 1.21) [nie ia64]

• dep: libncurses6 (>= 6)

  Biblioteki współdzielone przeznaczone do obsługi terminala

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  Współdzielona, niskopoziomowa biblioteka terminfo do obsługi terminala

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Pobieranie samtools

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.21-1	645,2 KiB	1 874,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.21-1	651,5 KiB	1 447,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.21-1	622,5 KiB	1 679,0 KiB	[lista plików]
armel	1.21-1	614,7 KiB	1 672,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.21-1	617,9 KiB	1 544,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.21-1	647,1 KiB	1 387,0 KiB	[lista plików]
i386	1.21-1	683,3 KiB	1 572,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.19.2-1+b1	716,1 KiB	2 112,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.21-1	619,4 KiB	1 368,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.21-1	630,8 KiB	1 894,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.21-1	665,4 KiB	1 935,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.21-1	677,4 KiB	1 935,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.21-1	657,6 KiB	1 299,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.21-1	655,9 KiB	1 507,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.21-1	708,9 KiB	1 674,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.21-1	614,2 KiB	7 771,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.21-1	655,3 KiB	1 416,0 KiB	[lista plików]