Pacote: samtools (1.9-4)

[ Fonte: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c, interface::commandline, Rede: Cliente, Protocolos de rede: FTP, protocol::http, role::program, Alcance: Utilitários, Kit de ferramentas de interface: Ncurses TUI, Propósito: use::analysing, use::calculating, Filtro, Funciona com: Sequência biológica

Outros pacotes relacionados a samtools

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armhf]

• dep: libhts2 (>= 1.9)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  bibliotecas compartilhadas para manipulação do terminal

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  biblioteca de terminfo de baixo-nível compartilhada para manipulação de terminal

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [não armhf]

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armhf]

• rec: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

• rec: python

  linguagem interativa de alto nível orientada a objetos (versão Python2)

Download de samtools

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	432.3 kB	1,008.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	413.7 kB	952.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	400.4 kB	785.0 kB	[lista de arquivos]