Paquet : samtools (1.21-1 et autres)

[ Paquet source : samtools  ]

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Samtools est un ensemble d'utilitaires qui manipulent les alignements de séquence de nucléotides dans le format binaire BAM. Il est capable d'importer et d'exporter à partir des formats ASCII SAM (Sequence Alignment/Map) et CRAM, de trier, de fusionner, d'indexer et de récupérer des enregistrements dans n'importe quelle région facilement. Il est conçu pour travailler sur un flux de données et est capable d'ouvrir un fichier BAM ou CRAM (mais pas SAM) sur un serveur HTTP ou FTP distant.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Réseau: Client, Protocole réseau: FTP, protocol::http, role::program, Champ d'application: Utilitaire, Boîte à outils d'interface utilisateur: Interface utilisateur texte ncurses, But: use::analysing, use::calculating, Filtrage, Fonctionne avec: Séquence biologique

Autres paquets associés à samtools

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3t64 (>= 1.21) [non ia64]

• dep: libncurses6 (>= 6)

  Bibliothèques partagées pour l'utilisation d'un terminal

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  bibliothèque partagée terminfo de bas niveau pour manipuler le terminal

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  implémentation de la référence du langage Common Workflow

Télécharger samtools

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.21-1	645,2 ko	1 874,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.21-1	651,5 ko	1 447,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.21-1	622,5 ko	1 679,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.21-1	614,7 ko	1 672,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.21-1	617,9 ko	1 544,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.21-1	647,1 ko	1 387,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.21-1	683,3 ko	1 572,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.19.2-1+b1	716,1 ko	2 112,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	1.21-1	638,9 ko	1 738,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.21-1	619,4 ko	1 368,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.21-1	630,8 ko	1 894,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.21-1	665,4 ko	1 935,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.21-1	677,4 ko	1 935,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.21-1	657,6 ko	1 299,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.21-1	655,9 ko	1 507,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.21-1	708,9 ko	1 674,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.21-1	614,2 ko	7 771,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.21-1	655,3 ko	1 416,0 ko	[liste des fichiers]