软件包：samtools（1.21-1 以及其他的）

[ 源代码： samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

标签: 领域: 生物学, 生物信息学, 实做语言: implemented-in::c, interface::commandline, 网络: 客户端, 网络协议: FTP, protocol::http, role::program, 范围: 实用程序, 界面工具箱: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, 处理: Biological Sequence

其他与 samtools 有关的软件包

• dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, ia64, sh4]

  GNU C 语言运行库：共享库
  同时作为一个虚包由这些包填实： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C 语言运行库：共享库
  同时作为一个虚包由这些包填实： libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3t64 (>= 1.21) [除 ia64]

• dep: libncurses6 (>= 6)

  终端控制的共享库

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  用于终端处理的共享底层 terminfo 库

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [除 alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  压缩库 - 运行时

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

下载 samtools

下载可用于所有硬件架构的

硬件架构	版本	软件包大小	安装后大小	文件
alpha （非官方移植版）	1.21-1	645.2 kB	1,874.0 kB	[文件列表]
amd64	1.21-1	651.5 kB	1,447.0 kB	[文件列表]
arm64	1.21-1	622.5 kB	1,679.0 kB	[文件列表]
armel	1.21-1	614.7 kB	1,672.0 kB	[文件列表]
armhf	1.21-1	617.9 kB	1,544.0 kB	[文件列表]
hppa （非官方移植版）	1.21-1	647.1 kB	1,387.0 kB	[文件列表]
i386	1.21-1	683.3 kB	1,572.0 kB	[文件列表]
ia64 （非官方移植版）	1.19.2-1+b1	716.1 kB	2,112.0 kB	[文件列表]
m68k （非官方移植版）	1.21-1	619.4 kB	1,368.0 kB	[文件列表]
mips64el	1.21-1	630.8 kB	1,894.0 kB	[文件列表]
ppc64 （非官方移植版）	1.21-1	665.4 kB	1,935.0 kB	[文件列表]
ppc64el	1.21-1	677.4 kB	1,935.0 kB	[文件列表]
riscv64	1.21-1	657.6 kB	1,299.0 kB	[文件列表]
s390x	1.21-1	655.9 kB	1,507.0 kB	[文件列表]
sh4 （非官方移植版）	1.21-1	708.9 kB	1,674.0 kB	[文件列表]
sparc64 （非官方移植版）	1.21-1	614.2 kB	7,771.0 kB	[文件列表]
x32 （非官方移植版）	1.21-1	655.3 kB	1,416.0 kB	[文件列表]