软件包：samtools（1.20-3 以及其他的）

samtools 的相关链接

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外部的资源：

主页 [www.htslib.org]

相似软件包：

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

标签: 领域: 生物学, 生物信息学, 实做语言: implemented-in::c, interface::commandline, 网络: 客户端, 网络协议: FTP, protocol::http, role::program, 范围: 实用程序, 界面工具箱: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, 处理: Biological Sequence

其他与 samtools 有关的软件包

依赖

推荐

建议

增强

dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, ia64, sh4]

GNU C 语言运行库：共享库
同时作为一个虚包由这些包填实： libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C 语言运行库：共享库
同时作为一个虚包由这些包填实： libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

C library for high-throughput sequencing data formats

dep: libhts3t64 (>= 1.20~) [除 ia64]
dep: libncurses6 (>= 6)

终端控制的共享库
dep: libtinfo6 (>= 6)

用于终端处理的共享底层 terminfo 库
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [除 armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

压缩库 - 运行时

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

下载 samtools

下载可用于所有硬件架构的
硬件架构	版本	软件包大小	安装后大小	文件
alpha （非官方移植版）	1.20-3	633.1 kB	1,804.0 kB	[文件列表]
amd64	1.20-3	637.6 kB	1,409.0 kB	[文件列表]
arm64	1.20-3+b1	613.9 kB	1,674.0 kB	[文件列表]
armel	1.20-3	601.7 kB	1,330.0 kB	[文件列表]
armhf	1.20-3	605.0 kB	1,146.0 kB	[文件列表]
hppa （非官方移植版）	1.20-3	634.3 kB	1,371.0 kB	[文件列表]
i386	1.20-3	672.3 kB	1,538.0 kB	[文件列表]
ia64 （非官方移植版）	1.19.2-1+b1	716.1 kB	2,112.0 kB	[文件列表]
m68k （非官方移植版）	1.20-3	612.5 kB	1,354.0 kB	[文件列表]
mips64el	1.20-3	615.2 kB	1,824.0 kB	[文件列表]
ppc64 （非官方移植版）	1.20-3	652.6 kB	1,929.0 kB	[文件列表]
ppc64el	1.20-3	662.7 kB	1,929.0 kB	[文件列表]
riscv64	1.20-3	647.5 kB	1,281.0 kB	[文件列表]
s390x	1.20-3	643.8 kB	1,485.0 kB	[文件列表]
sh4 （非官方移植版）	1.20-3	694.6 kB	1,668.0 kB	[文件列表]
sparc64 （非官方移植版）	1.20-3	601.8 kB	7,765.0 kB	[文件列表]
x32 （非官方移植版）	1.20-3	641.9 kB	1,378.0 kB	[文件列表]