Pacote: samtools (1.11-1)

[ Fonte: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c, interface::commandline, Rede: Cliente, Protocolos de rede: FTP, protocol::http, role::program, Alcance: Utilitários, Kit de ferramentas de interface: Ncurses TUI, Propósito: use::analysing, use::calculating, Filtro, Funciona com: Sequência biológica

Outros pacotes relacionados a samtools

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libhts3 (>= 1.11)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  bibliotecas compartilhadas para manipulação do terminal

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  biblioteca de terminfo de baixo-nível compartilhada para manipulação de terminal

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [não armel, armhf, i386, mipsel]

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386, mipsel]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Download de samtools

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	531.8 kB	1,201.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	513.2 kB	1,149.0 kB	[lista de arquivos]
armel	503.0 kB	1,134.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	507.0 kB	978.0 kB	[lista de arquivos]
i386	562.3 kB	1,306.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	518.2 kB	1,281.0 kB	[lista de arquivos]
mipsel	525.7 kB	1,240.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	559.1 kB	1,669.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	512.5 kB	1,229.0 kB	[lista de arquivos]