Pakiet: srst2 (0.2.0-13 i inne)

[ Pakiet źródłowy: srst2  ]

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.

Inne pakiety związane z srst2

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  Pakiet programów przeznaczonych do szybkiego grupowania sekwencji

• dep: python [hppa, x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: python-biopython [hppa, x32]

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• dep: python-scipy [hppa, x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: python3 [nie hppa, x32]

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-biopython [nie hppa, x32]

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-scipy [nie hppa, x32]

  Narzędzia naukowe dla Pythona 3

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• rec: python3-rpy2

  Python3 interface to the GNU R language and environment (version 2)

Pobieranie srst2

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.2.0-13	59,8 KiB	265,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.2.0-13	59,9 KiB	265,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.2.0-13	59,9 KiB	265,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0.1.8-1	58,6 KiB	258,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0.2.0-11	59,6 KiB	254,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.2.0-13	59,9 KiB	265,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.2.0-13	59,9 KiB	265,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.2.0-13	59,8 KiB	265,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.2.0-13	59,9 KiB	265,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.2.0-13	59,9 KiB	265,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0.2.0-13	59,8 KiB	265,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.2.0-13	59,9 KiB	265,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.1.8-1	58,6 KiB	258,0 KiB	[lista plików]