软件包：srst2（0.2.0-13 以及其他的）

[ 源代码： srst2  ]

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.

其他与 srst2 有关的软件包

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: python [hppa, x32]

  软件包暂时不可用

• dep: python-biopython [hppa, x32]

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• dep: python-scipy [hppa, x32]

  软件包暂时不可用

• dep: python3 [除 hppa, x32]

  交互式高级面向对象语言（默认 python3 版本）

• dep: python3-biopython [除 hppa, x32]

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-scipy [除 hppa, x32]

  scientific tools for Python 3

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: python3-rpy2

  Python3 interface to the GNU R language and environment (version 2)

下载 srst2

下载可用于所有硬件架构的

硬件架构	版本	软件包大小	安装后大小	文件
alpha （非官方移植版）	0.2.0-13	59.8 kB	265.0 kB	[文件列表]
amd64	0.2.0-13	59.9 kB	265.0 kB	[文件列表]
arm64	0.2.0-13	59.9 kB	265.0 kB	[文件列表]
hppa （非官方移植版）	0.1.8-1	58.6 kB	258.0 kB	[文件列表]
ia64 （非官方移植版）	0.2.0-11	59.6 kB	254.0 kB	[文件列表]
loong64 （非官方移植版）	0.2.0-13	59.9 kB	265.0 kB	[文件列表]
m68k （非官方移植版）	0.2.0-13	59.9 kB	265.0 kB	[文件列表]
mips64el	0.2.0-13	59.9 kB	265.0 kB	[文件列表]
ppc64 （非官方移植版）	0.2.0-13	59.8 kB	265.0 kB	[文件列表]
ppc64el	0.2.0-13	59.9 kB	265.0 kB	[文件列表]
riscv64	0.2.0-13	59.9 kB	265.0 kB	[文件列表]
sh4 （非官方移植版）	0.2.0-13	59.8 kB	265.0 kB	[文件列表]
sparc64 （非官方移植版）	0.2.0-13	59.9 kB	265.0 kB	[文件列表]
x32 （非官方移植版）	0.1.8-1	58.6 kB	258.0 kB	[文件列表]