パッケージ: srst2 (0.2.0-12 など)

[ ソース: srst2  ]

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.

その他の srst2 関連パッケージ

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: python [hppa, x32]

  パッケージは利用できません

• dep: python-biopython [hppa, x32]

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• dep: python-scipy [hppa, x32]

  パッケージは利用できません

• dep: python3 [hppa, x32 以外]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython [hppa, x32 以外]

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-scipy [hppa, x32 以外]

  scientific tools for Python 3

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: python3-rpy2

  Python3 interface to the GNU R language and environment (version 2)

srst2 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	0.2.0-12	59.8 kB	265.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	0.2.0-12	59.8 kB	265.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.2.0-12	59.8 kB	265.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	0.1.8-1	58.6 kB	258.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	0.2.0-11	59.6 kB	254.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.2.0-12	59.8 kB	265.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.2.0-12	59.8 kB	265.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	0.2.0-12	59.8 kB	265.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.2.0-12	59.8 kB	265.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	0.2.0-12	59.8 kB	265.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.2.0-12	59.8 kB	265.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	0.2.0-12	59.8 kB	265.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	0.1.8-1	58.6 kB	258.0 kB	[ファイル一覧]