[ Källkod: srst2 ]
Paket: srst2 (0.2.0-12 och andra)
Länkar för srst2
Debianresurser:
Hämta källkodspaketet srst2:
Ansvariga:
Externa resurser:
- Hemsida [katholt.github.io]
Liknande paket:
Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens
This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.
Andra paket besläktade med srst2
|
|
|
|
-
- dep: bowtie2
- ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- dep: cd-hit
- suite of programs designed to quickly group sequences
-
- dep: python [hppa, x32]
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python-biopython [hppa, x32]
- Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)
-
- dep: python-scipy [hppa, x32]
- Paketet inte tillgängligt
-
- dep: python3 [ej hppa, x32]
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-biopython [ej hppa, x32]
- Python3 library for bioinformatics
-
- dep: python3-scipy [ej hppa, x32]
- scientific tools for Python 3
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- rec: python3-rpy2
- Python3 interface to the GNU R language and environment (version 2)
Hämta srst2
| Arkitektur | Version | Paketstorlek | Installerad storlek | Filer |
|---|---|---|---|---|
| alpha (inofficiell anpassning) | 0.2.0-12 | 59,8 kbyte | 265,0 kbyte | [filförteckning] |
| amd64 | 0.2.0-12 | 59,8 kbyte | 265,0 kbyte | [filförteckning] |
| arm64 | 0.2.0-12 | 59,8 kbyte | 265,0 kbyte | [filförteckning] |
| hppa (inofficiell anpassning) | 0.1.8-1 | 58,6 kbyte | 258,0 kbyte | [filförteckning] |
| ia64 (inofficiell anpassning) | 0.2.0-11 | 59,6 kbyte | 254,0 kbyte | [filförteckning] |
| m68k (inofficiell anpassning) | 0.2.0-12 | 59,8 kbyte | 265,0 kbyte | [filförteckning] |
| mips64el | 0.2.0-12 | 59,8 kbyte | 265,0 kbyte | [filförteckning] |
| ppc64 (inofficiell anpassning) | 0.2.0-12 | 59,8 kbyte | 265,0 kbyte | [filförteckning] |
| ppc64el | 0.2.0-12 | 59,8 kbyte | 265,0 kbyte | [filförteckning] |
| riscv64 | 0.2.0-12 | 59,8 kbyte | 265,0 kbyte | [filförteckning] |
| sh4 (inofficiell anpassning) | 0.2.0-12 | 59,8 kbyte | 265,0 kbyte | [filförteckning] |
| sparc64 (inofficiell anpassning) | 0.2.0-12 | 59,8 kbyte | 265,0 kbyte | [filförteckning] |
| x32 (inofficiell anpassning) | 0.1.8-1 | 58,6 kbyte | 258,0 kbyte | [filförteckning] |