Пакет: srst2 (0.2.0-13 и другие)

[ Источник: srst2  ]

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.

Другие пакеты, относящиеся к srst2

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: python [hppa, x32]

  Пакет недоступен

• dep: python-biopython [hppa, x32]

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• dep: python-scipy [hppa, x32]

  Пакет недоступен

• dep: python3 [не hppa, x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython [не hppa, x32]

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-scipy [не hppa, x32]

  scientific tools for Python 3

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: python3-rpy2

  Python3 interface to the GNU R language and environment (version 2)

Загрузка srst2

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	0.2.0-13	59,8 Кб	265,0 Кб	[список файлов]
amd64	0.2.0-13	59,9 Кб	265,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.2.0-13	59,9 Кб	265,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	0.1.8-1	58,6 Кб	258,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.2.0-11	59,6 Кб	254,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	0.2.0-13	59,9 Кб	265,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.2.0-13	59,9 Кб	265,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.2.0-13	59,8 Кб	265,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.2.0-13	59,9 Кб	265,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.2.0-13	59,9 Кб	265,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	0.2.0-13	59,8 Кб	265,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.2.0-13	59,9 Кб	265,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.1.8-1	58,6 Кб	258,0 Кб	[список файлов]