套件：srst2（0.2.0-13 以及其他的）

[ 原始碼： srst2  ]

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.

其他與 srst2 有關的套件

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: python [hppa, x32]

  套件暫時不可用

• dep: python-biopython [hppa, x32]

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• dep: python-scipy [hppa, x32]

  套件暫時不可用

• dep: python3 [除 hppa, x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython [除 hppa, x32]

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-scipy [除 hppa, x32]

  scientific tools for Python 3

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: python3-rpy2

  Python3 interface to the GNU R language and environment (version 2)

下載 srst2

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	0.2.0-13	59。8 kB	265。0 kB	[檔案列表]
amd64	0.2.0-13	59。9 kB	265。0 kB	[檔案列表]
arm64	0.2.0-13	59。9 kB	265。0 kB	[檔案列表]
hppa （非官方移植版）	0.1.8-1	58。6 kB	258。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	0.2.0-11	59。6 kB	254。0 kB	[檔案列表]
loong64 （非官方移植版）	0.2.0-13	59。9 kB	265。0 kB	[檔案列表]
m68k （非官方移植版）	0.2.0-13	59。9 kB	265。0 kB	[檔案列表]
mips64el	0.2.0-13	59。9 kB	265。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	0.2.0-13	59。8 kB	265。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	0.2.0-13	59。9 kB	265。0 kB	[檔案列表]
riscv64	0.2.0-13	59。9 kB	265。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	0.2.0-13	59。8 kB	265。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	0.2.0-13	59。9 kB	265。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	0.1.8-1	58。6 kB	258。0 kB	[檔案列表]