Пакет: srst2 (0.2.0-13 и други)

[ Източник: srst2  ]

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.

Други пакети, свързани с srst2

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: python [hppa, x32]

  Пакетът не е наличен

• dep: python-biopython [hppa, x32]

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• dep: python-scipy [hppa, x32]

  Пакетът не е наличен

• dep: python3 [не hppa, x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython [не hppa, x32]

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-scipy [не hppa, x32]

  scientific tools for Python 3

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: python3-rpy2

  Python3 interface to the GNU R language and environment (version 2)

Изтегляне на srst2

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	0.2.0-13	59,8 кБ	265,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	0.2.0-13	59,9 кБ	265,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	0.2.0-13	59,9 кБ	265,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	0.1.8-1	58,6 кБ	258,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	0.2.0-11	59,6 кБ	254,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	0.2.0-13	59,9 кБ	265,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	0.2.0-13	59,9 кБ	265,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	0.2.0-13	59,8 кБ	265,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	0.2.0-13	59,9 кБ	265,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	0.2.0-13	59,9 кБ	265,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	0.2.0-13	59,8 кБ	265,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	0.2.0-13	59,9 кБ	265,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	0.1.8-1	58,6 кБ	258,0 кБ	[списък на файловете]