Paketti: srst2 (0.2.0-13 ja muut)

[ Source: srst2  ]

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.

Muut pakettiin srst2 liittyvät paketit

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: python [hppa, x32]

  Paketti ei saatavilla

• dep: python-biopython [hppa, x32]

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• dep: python-scipy [hppa, x32]

  Paketti ei saatavilla

• dep: python3 [ei hppa, x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython [ei hppa, x32]

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-scipy [ei hppa, x32]

  scientific tools for Python 3

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: python3-rpy2

  Python3 interface to the GNU R language and environment (version 2)

Imuroi srst2

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	0.2.0-13	59.8 kt	265.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	0.2.0-13	59.9 kt	265.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	0.2.0-13	59.9 kt	265.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	0.1.8-1	58.6 kt	258.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	0.2.0-11	59.6 kt	254.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	0.2.0-13	59.9 kt	265.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	0.2.0-13	59.9 kt	265.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	0.2.0-13	59.8 kt	265.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	0.2.0-13	59.9 kt	265.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	0.2.0-13	59.9 kt	265.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	0.2.0-13	59.8 kt	265.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	0.2.0-13	59.9 kt	265.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	0.1.8-1	58.6 kt	258.0 kt	[tiedostoluettelo]