Paket: gmap (2024-11-20+ds-2)

Länkar för gmap

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet gmap:

Ansvariga:

Debian Med Packaging Team (QA-sida, E-postarkiv)
Shaun Jackman (QA-sida)
Andreas Tille (QA-sida)
Alexandre Mestiashvili (QA-sida)
Étienne Mollier (QA-sida)

Externa resurser:

Hemsida [research-pub.gene.com]

Liknande paket:

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Märken: Field: Biologi, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Role: Program, Purpose: Analysing

Andra paket besläktade med gmap

beror

rekommenderar

föreslår

enhances

dep: libbz2-1.0

high-quality block-sorting file compressor library - runtime
dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, loong64, sh4]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Kompressionsbibliotek - körtidspaket

Hämta gmap

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	5.233,2 kbyte	44.708,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	33.685,8 kbyte	268.823,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	6.907,0 kbyte	61.267,0 kbyte	[filförteckning]
armel	4.919,1 kbyte	46.844,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	4.903,1 kbyte	44.860,0 kbyte	[filförteckning]
i386	5.168,3 kbyte	46.588,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	6.969,7 kbyte	62.094,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	5.960,0 kbyte	57.817,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	7.108,9 kbyte	63.635,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	6.359,3 kbyte	59.311,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	5.697,4 kbyte	48.642,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	5.639,4 kbyte	48.080,0 kbyte	[filförteckning]