パッケージ: gmap (2024-11-20+ds-1)

[ ソース: gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

タグ: 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, 役割: プログラム, 目的: 解析

その他の gmap 関連パッケージ

• dep: libbz2-1.0

  高品質なブロックソートファイル圧縮器 - ランタイム

• dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

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• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

gmap のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	5,237.3 kB	44,707.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	33,744.7 kB	268,822.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	6,859.2 kB	61,266.0 kB	[ファイル一覧]
armel	4,930.9 kB	46,231.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	4,950.9 kB	44,107.0 kB	[ファイル一覧]
i386	5,170.3 kB	46,587.0 kB	[ファイル一覧]
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ppc64el	7,139.9 kB	63,634.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	6,368.6 kB	59,310.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	5,781.5 kB	48,641.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	5,523.9 kB	48,079.0 kB	[ファイル一覧]