Balík: gmap (2024-11-20+ds-2)

[ Zdroj: gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Značky: Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Role: Program, Purpose: Analyzovanie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom gmap

• dep: libbz2-1.0

  kvalitná knižnica na komprimáciu súborov s triedením blokov - dynamická knižnica

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, loong64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť gmap

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	5,233.2 kB	44,708.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	33,685.8 kB	268,823.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	6,907.0 kB	61,267.0 kB	[zoznam súborov]
armel	4,919.1 kB	46,844.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	4,903.1 kB	44,860.0 kB	[zoznam súborov]
i386	5,168.3 kB	46,588.0 kB	[zoznam súborov]
loong64 (neoficiálny port)	6,969.7 kB	62,094.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	5,960.0 kB	57,817.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	7,108.9 kB	63,635.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	6,359.3 kB	59,311.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	5,697.4 kB	48,642.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	5,639.4 kB	48,080.0 kB	[zoznam súborov]