Paket: gmap (2024-08-20+ds-1)

[ Källkod: gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Märken: Field: Biologi, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Role: Program, Purpose: Analysing

Andra paket besläktade med gmap

• dep: libbz2-1.0

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

Hämta gmap

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	33.868,9 kbyte	268.618,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	6.876,8 kbyte	61.194,0 kbyte	[filförteckning]
armel	4.856,2 kbyte	46.203,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	4.954,0 kbyte	44.079,0 kbyte	[filförteckning]
i386	5.202,6 kbyte	46.551,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	5.881,3 kbyte	57.807,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	7.086,6 kbyte	63.626,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	6.341,5 kbyte	59.286,0 kbyte	[filförteckning]