Paket: gmap (2024-11-20+ds-2)

[ Kaynak: gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Etiketler: Alan: Biyoloji, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Rol: Program, Amaç: Analiz

gmap ile İlgili Diğer Paketler

• dep: libbz2-1.0

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, sh4 değil]

  GNU C Library: Shared libraries
  ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6.1-udeb

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  compression library - runtime

gmap indir

Tüm mevcut mimariler için indir

Mimari	Paket Boyutu	Kurulu Boyut	Dosyalar
alpha (resmi olmayan port)	5.233,2 kB	44.708,0 kB	[dosya listesi]
amd64	33.685,8 kB	268.823,0 kB	[dosya listesi]
arm64	6.907,0 kB	61.267,0 kB	[dosya listesi]
armel	4.919,1 kB	46.844,0 kB	[dosya listesi]
armhf	4.903,1 kB	44.860,0 kB	[dosya listesi]
i386	5.168,3 kB	46.588,0 kB	[dosya listesi]
mips64el	5.960,0 kB	57.817,0 kB	[dosya listesi]
ppc64el	7.108,9 kB	63.635,0 kB	[dosya listesi]
riscv64	6.359,3 kB	59.311,0 kB	[dosya listesi]
sh4 (resmi olmayan port)	5.697,4 kB	48.642,0 kB	[dosya listesi]
x32 (resmi olmayan port)	5.639,4 kB	48.080,0 kB	[dosya listesi]