Pakiet: gmap (2024-11-20+ds-2)

[ Pakiet źródłowy: gmap  ]

Dopasowanie splicingowe i tolerancyjne SNP dla mRNA i krótkich odczytów

Pakiet ten zawiera programy GMAP i GSNAP oraz narzędzia do zarządzania bazami danych genomów w formacie GMAP/GSNAP. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) to narzędzie służące do dopasowywania sekwencji EST, mRNA i cDNA. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) to narzędzie do dopasowywania odczytów transkryptomu z pojedynczym i sparowanym końcem. Obydwa narzędzia mogą korzystać z bazy danych:

 * znanych miejsc splotów i zidentyfikować nowe tego typu miejsca.
 * znanych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP).

GSNAP może wyrównać DNA poddanemu działaniu wodorosiarczynu.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Rola: Program, Przeznaczenie: Analizowanie

Inne pakiety związane z gmap

• dep: libbz2-1.0

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie gmap

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	5 233,2 KiB	44 708,0 KiB	[lista plików]
amd64	33 685,8 KiB	268 823,0 KiB	[lista plików]
arm64	6 907,0 KiB	61 267,0 KiB	[lista plików]
armel	4 919,1 KiB	46 844,0 KiB	[lista plików]
armhf	4 903,1 KiB	44 860,0 KiB	[lista plików]
i386	5 168,3 KiB	46 588,0 KiB	[lista plików]
mips64el	5 960,0 KiB	57 817,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	7 108,9 KiB	63 635,0 KiB	[lista plików]
riscv64	6 359,3 KiB	59 311,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	5 697,4 KiB	48 642,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	5 639,4 KiB	48 080,0 KiB	[lista plików]